我有一个命令nipype.interface.afni.Warp,它给了我以下python终端输出:
190920-12:22:00,333 nipype.interface INFO:
stderr 2019-09-20T12:22:00.333467:++ 3dWarp: AFNI version=AFNI_19.2.21 (Aug 29 2019) [64-bit]
190920-12:22:00,334 nipype.interface INFO:
stderr 2019-09-20T12:22:00.334117:++ Authored by: RW Cox
190920-12:22:00,365 nipype.interface INFO:
stderr 2019-09-20T12:22:00.365105:++ Using minimum spacing of 1.000000 mm for new grid spacing
190920-12:22:03,252 nipype.interface INFO:
stderr 2019-09-20T12:22:03.252756:++ Output dataset /media/sf_Ubuntu_files/dicomtest/warp_test.nii.gz
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:# mat44 Obliquity Transformation ::
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
stdout 2019-09-20T12:22:03.253083: 1.000000 -0.000000 0.000000 0.000000
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
stdout 2019-09-20T12:22:03.253083: 0.000000 0.999592 -0.028568 -1.842994
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
stdout 2019-09-20T12:22:03.253083: -0.000000 0.028568 0.999592 3.788057
我想捕获底部"# mat44 倾斜变换::"行下的矩阵并将其写入文件。我已经在 bash 中完成了此操作,如下所示:
3dWarp -flags_and_stuff | grep -A 4 '# mat44 Obliquity Transformation ::' > $filename.1D
但是我想使用 python 编写上面的 bash 命令。
按照这篇博文的步骤,我尝试了这个:
command = ['python3' ,"nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]
my_env = os.environ.copy()
my_env["PATH"] = "/usr/sbin:/sbin:" + my_env["PATH"]
p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT, env=my_env)
但是当我输入p.communicate()
时,我得到:
>>> p.communicate()
(b"python3: can't open file 'nipype.interfaces.afni.Warp(<stuff>).run()': [Errno 2] No such file or directoryn", None)
我如何在 python 中做到这一点?还是在 bash 中执行更好?我正在编写的脚本将使用这一行数千次,因此无论最快的(我假设这也意味着最"pythonic"(的方法是什么。
我认为您在 Python 的Popen
调用中对python3
的命令行参数不正确。跟
command = ['python3' ,"nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]
启动的python3
进程认为第一个参数是要执行的文件,但您希望运行一段 Python 代码。
将command
声明更改为以下内容:
command = ['python3' ,'-c', "nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]
这应该使生成的python3
进程将该参数解释为要执行的命令,而不是文件名。
当然,这是假设您首先要这样做。如果你在Python中启动Python的子进程,为什么不在不使用Popen的情况下在脚本中运行nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()
呢?