numpy.genfromtxt 为带有减号的复数提供 nan

Question

我在一个文件中有一些复杂的数字，由np.savetxt()编写：

(8.67272e-09+-1.64817e-07j)
(2.31263e-08+1.11916e-07j)
(9.73642e-08+-7.98195e-08j)
(1.05448e-07+7.00151e-08j)

这是在文件"测试.txt"中。当我使用'np.genfromtxt（'test.txt'，dtype=complex）时，我得到：

                nan +0.00000000e+00j,
     2.31263000e-08 +1.11916000e-07j,
                nan +0.00000000e+00j,
     1.05448000e-07 +7.00151000e-08j,

这是一个错误，还是我可以做些什么来避免从负数中得到nan？

Answer 1

这是一个在numpy github存储库上报告的错误。 问题是，当虚部为负数时，savetxt会写入一个包含无关'+'的字符串。 从 Python 的角度来看，'+'是无关紧要的：

In [95]: complex('1+-2j')
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-95-56afbb08ca8f> in <module>()
----> 1 complex('1+-2j')
ValueError: complex() arg is a malformed string

请注意，1+-2j 是一个有效的 Python 表达式。 这建议在genfromtxt中使用计算器来计算表达式。

例如，下面是一个复杂的数组a：

In [109]: a
Out[109]: array([1.0-1.j , 2.0+2.5j, 1.0-3.j , 4.5+0.j ])

保存a foo.txt：

In [110]: np.savetxt('foo.txt', a, fmt='%.2e')
In [111]: !cat foo.txt
 (1.00e+00+-1.00e+00j)
 (2.00e+00+2.50e+00j)
 (1.00e+00+-3.00e+00j)
 (4.50e+00+0.00e+00j)

使用 genfromtxt 读回数据。 对于转换器，我将使用 ast.literal_eval ：

In [112]: import ast
In [113]: np.genfromtxt('foo.txt', dtype=np.complex128, converters={0: lambda s: ast.literal_eval(s.decode())})
Out[113]: array([1.0-1.j , 2.0+2.5j, 1.0-3.j , 4.5+0.j ])

或者，您可以使用转换器将出现的'+-'替换为'-'：

In [117]: np.genfromtxt('foo.txt', dtype=np.complex128, converters={0: lambda s: complex(s.decode().replace('+-', '-'))})
Out[117]: array([1.0-1.j , 2.0+2.5j, 1.0-3.j , 4.5+0.j ])