我在我的Ubuntu(14.4)系统中安装了Vagrant。当我输入"Vagrant Up"注释时，显示以下错误。
/opt/vagrant/embedded/gems/gems/vagrant-1.8.5/lib/vagrant/machine_index.rb:321:in `initialize': Permission denied @ rb_sysopen - /home/w3cert/.vagrant.d/data/machine-index/index.lock (Errno::EACCES)
Permission denied
表示文件/home/w3cert/.vagrant.d/data/machine-index/index.lock由另一个用户拥有，而您当前的用户没有权限。
检查谁是你的文件的所有者，如果你用sudo或root运行任何安装/命令，那么你的当前用户将没有权限修改文件。
现在你可以改变所有.vagrant.d文件的所有权到你的帐户，你应该能够运行vagrant up命令
我也有同样的问题。我以前用过Vagrant，然后卸载了它。当我试图重新安装我有同样的错误我的解决办法是删除。vagrant。D临时文件夹(在您的例子中是/home/w3cert/.vagrant. D/)
希望它对你也有用
正如Manuel所说，删除。vagrant。D文件夹可以解决这个问题。
奇怪的是，这也发生在Windows上，我没有安装任何新的，或重新安装流浪或类似的东西。我唯一能想到的就是上周的停电导致了一个文件夹/文件被锁…S