非常奇怪，突然间，git将我的repo中的大多数文件显示为已删除。ls显示它们，tree显示它们，我可以打开它们。
我试图将存储库复制到另一个文件夹，git状态显示相同。。。
你知道这是怎么发生的，以及如何解决这个问题吗？
编辑：我只将.git文件夹复制到另一个目录，git status这个repo，然后再次将所有文件复制到新文件夹，从而解决了临时问题。然后过一段时间，它会将文件重新显示为已删除。。。
编辑2：为了解决这个问题，在保留所有文件的副本的同时，我努力休息，然后将备份的文件重新复制到repo。现在一切都好了。
EDIT3(更多信息)：我保留了一份破损的回购文件夹的副本，以备不时之需。我让这个问题公开了，因为我仍然想知道这是怎么发生的！
>> cat $(find . -name .gitignore)
git
*.pyc
*.lprof
*.cprof
profile.sh
/doc/
/.idea/
__pycache__
/tmp/
(对不起，法语，我已经尽力翻译了)。很多文件，只是显示了一些的例子
>> git status
Sur la branche master (on the branch master)
...
Modifications qui seront validées : (modification that will be validated)
(utilisez "git reset HEAD <fichier>..." pour désindexer)
(supprimé = deleted)
supprimé : GUI/MainWindows.py
supprimé : GUI/PathParameters.py
supprimé : GUI/parameter_utils.py
supprimé : GUI/ui/ui_DefaultPathDialog.py
supprimé : GUI/ui/ui_mainGUI.py
supprimé : examples/__init__.py
supprimé : externals/__init__.py
supprimé : main.py
supprimé : tools/searchUtils.py
supprimé : tools/spatial.py
supprimé : tools/utils.py
supprimé : tools/yaml.py
....
Modifications qui ne seront pas validées : (modification that won't' be validated)
(utilisez "git add <fichier>..." pour mettre à jour ce qui sera validé)
(utilisez "git checkout -- <fichier>..." pour annuler les modifications dans la copie de travail)
(modifié = modified)
modifié : GUI/ui/ui_mainGUI.ui
modifié : requirements.txt
Fichiers non suivis: (files not followed)
(utilisez "git add <fichier>..." pour inclure dans ce qui sera validé)
GUI/MainWindows.py
GUI/base/
GUI/parameter_utils.py
GUI/ui/ui_DefaultPathDialog.py
GUI/ui/ui_mainGUI.py
examples/
externals/
main.py
tools/
git diff --cached显示了以下内容，源代码为红色。它很长，我不会把源代码放在这里。如果你不想了解更多细节，就去问吧！
>>git diff --cached
diff --git a/GUI/MainWindows.py b/GUI/MainWindows.py
deleted file mode 100644
index c9ef7ac..0000000
--- a/GUI/MainWindows.py
+++ /dev/null
正如我所解释的，ls显示了上面列出的所有已删除的文件
"要提交"的更改是存储在索引(又名暂存区又名cache)中的更改。Git从中生成新的提交，无论现在索引中有什么，所以对索引的一个很好的描述是，它正是你提议提交的。
如果您复制了存储库，但没有复制索引(或者以某种方式复制了它，但没有保留所有索引)，这将解释问题。索引既不是存储库本身，也不是工作树。相反，索引位于存储库和工作树之间。因此，文件可以按良好的顺序存在于工作树中，但在索引中丢失，Git会告诉您，如果您现在提交，将提交删除。
您可以告诉Git使用git reset --mixed从当前提交的重新填充索引。或者，您可以使用git add写入指定的(或所有)工作树文件。即：
git reset --mixed：将(所有文件)从HEAD复制到索引git addfile：从工作树复制(指定的file)到索引
如果您将索引视为位于HEAD提交和工作树之间，则这一切都更有意义：
HEAD index work-tree
---------- ---------- ----------
README.txt README.txt README.txt
file.ext file.ext file.ext
main.py main.py main.py
每个文件的
HEAD副本都是只读的：任何提交都不能更改，它是一个已提交的副本。这些文件是经过压缩的——可能是高度压缩的——并且是一种特殊的、仅限Git的格式。每个文件的索引副本仅为Git，与
HEAD副本一样，只是它是读/写的：它已被解冻。下一次提交将通过冻结索引副本来使用索引副本(一旦所有文件都被冻结并提交完成，该索引副本将成为HEAD副本，因为HEAD更改为新提交)。每个文件的工作树副本都是一个正常形式的正常文件。Git不使用来进行提交。Git并不太关心它，真的；Git只是为提供它，供使用、使用，如果您愿意，还可以更改。
更改文件后，使用git add将其复制回索引，覆盖旧的索引副本。add进程对文件进行压缩和Git初始化，以便可以提交该文件。
git commit命令立即获取索引中的任何内容，并将其冻结到新的提交中。新的提交变为HEAD提交。
当您第一次运行git checkoutbranch时，Git会从branch的提示提交中填充索引和工作树。该提交变为HEAD提交，并且HEAD和索引匹配。当您进行新提交时，该新提交将成为当前分支的顶端，并且HEAD和索引匹配。请注意，工作树只是初始签出的输出，而不是新提交的输入。(如果您git add编辑了部分或全部文件，则它或其中的一些文件被放入索引。)
通常，您会使用git rm:从索引中删除文件
git rmfile从中删除file，同时索引和工作树；或git rmfile从索引中删除file，但将其单独保留在工作树中
无论哪种方式，在从索引中删除file.ext之后，它仍然存在于HEAD中，因此您有以下两个结果之一：
HEAD index work-tree
---------- ---------- ----------
README.txt README.txt README.txt
file.ext file.ext
main.py main.py main.py
或：
HEAD index work-tree
---------- ---------- ----------
README.txt README.txt README.txt
file.ext
main.py main.py main.py
查看工作树不会告诉您文件已从索引中删除，它只会告诉您文件是否已从工作树删除。但git status会告诉你，因为git status运行两个git diffs:
首先，
git status将HEAD提交与索引进行比较。无论有什么不同，Git告诉你是一个"需要承诺的改变"(我想是"qui seront validées")。无论是什么，Git都没有提及。然后，
git status将索引与工作树进行比较。无论有什么不同，Git告诉你是一个至少不相关的改变。当然，您可以将更新后的文件git add放入索引中；之后，第一个比较，HEAD与索引，将显示不同的内容。不在索引中但在工作树中的文件被称为未跟踪("non-suitvis")。即使文件处于
HEAD提交中，也是如此。(但是，请注意，您可以通过在.gitignore中列出文件或其模式来抑制对未跟踪文件的抱怨。)
结论：文件在HEAD和工作树中，但不在索引中
您所显示的输出正是本例所期望的结果。该文件在HEAD中，但不在索引中：除非您将其放回索引，否则它将在下一次提交时丢失。文件不在索引中，而是在工作树中：它未被跟踪。