我创建了一个ASP.Net web应用程序，并将其托管在Microsoft Azure上，用户可以在那里登录并登录系统。我没有使用Azure AD或内部部署AD，而是使用Azure SQL数据库。用户以普通用户身份在web应用程序上注册。我想知道是否有一种方法可以将Azure Multi-Factor Authentication与我的自定义应用程序集成。
如需澄清，请询问。
从您的问题中，听起来您使用的是某种使用SQL数据库作为后端的ASP.NET标识功能。如果是这样的话，那么你可能想看看这篇文章：
http://www.hanselman.com/blog/AddingTwoFactorAuthenticationToAnASPNETApplication.aspx
它详细展示了如何使用ASP.NET Identity 2.0为ASP.NET应用程序配置多因素身份验证。无论您是在内部部署还是在Azure中托管，它都应该有效。
如果您正在询问如何将Azure AD Multi-Factor Authentication集成到您现有的ASP.NET标识子系统中，那么我担心这可能是不可能的，除非您将对Azure AD的依赖作为您的标识子系统。