R-找到一对最相关的变量

Question

假设我有一个由20列（变量）组成的数据框架，并且它们都是数字。我始终可以在R中使用cor函数以获取矩阵形式的相关系数，或者实际上可视化相关矩阵（也带有标记的相关系数）。假设我只想根据相关系数值对成对进行排序，如何在r？

Answer 1

使用Corrr：

解决方案

corrr是用于探索R中相关性的软件包。它专注于 创建和使用相关数据框架

library(corrr)
matrix(rnorm(100), 5) %>%
    correlate() %>% 
    stretch() %>% 
    arrange(r)

---

使用Reshape2＆amp;data.table：

您可以reshape2::melt（用data.table导入）cor结果和顺序（排序）根据相关值。

library(data.table)
corMatrix <- cor(matrix(rnorm(100), 5))
setDT(melt(corMatrix))[order(value)]

Answer 2

dplyr tidyr解决方案：

set.seed(123)
mat = matrix(rnorm(50), nrow = 10, ncol = 5)
colnames(mat) = paste0("X", 1:5)
library(dplyr)
library(tidyr)
cor(mat) %>%
  as.data.frame() %>%
  mutate(var1 = rownames(.)) %>%
  gather(var2, value, -var1) %>%
  arrange(desc(value))

由于我们知道相关矩阵是对称的（cor(X1, X2)==cor(X2, X1)），因此我们可以group_by values列并删除重复：

cor(mat) %>%
  as.data.frame() %>%
  mutate(var1 = rownames(.)) %>%
  gather(var2, value, -var1) %>%
  arrange(desc(value)) %>%
  group_by(value) %>%
  filter(row_number()==1)

结果：

# A tibble: 11 x 3
# Groups:   value [11]
    var1  var2       value
   <chr> <chr>       <dbl>
 1    X1    X1  1.00000000
 2    X4    X1  0.67301956
 3    X2    X1  0.57761512
 4    X4    X2  0.27131880
 5    X5    X4  0.07453706
 6    X5    X3  0.02265933
 7    X5    X2 -0.25201740
 8    X5    X1 -0.34863673
 9    X3    X1 -0.40595930
10    X4    X3 -0.43726491
11    X3    X2 -0.56734869