在 macOS 上安装 rpy2 -- 变量R_HOME问题

Question

我想在我的python代码中导入库，这样我就可以使用Python连接我的Rcode。我已经使用 pippip rpy2 install安装了 rpy2 但是，我收到错误">值错误：r_home为无。在我的 python 会话中尝试 python -m rpy2.situation"。

系统：

MacOS：莫哈韦 10.14.5

Python：3.7.4(使用 eclipse & pydev 构建脚本)

R： 3.5.3

我在终端export R_HOME=$(R RHOME)中运行此代码以设置我的R_HOME变量。然后为了检查，我运行了python -m ryp2.situation来检查我的输出，看看是否正确添加了R_HOME变量。

蟒蛇版本： 3.7.4(默认，2019 年 7 月 9 日 18：13：23)[Clang 10.0.1 (clang-1001.0.46.4)] 寻找 R 的家：

Environment variable R_HOME: /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Calling `R RHOME`: /Library/Frameworks/R.framework/Resources
InstallPath in the registry: *** Only available on Windows *** R version:
In the PATH: R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"
Loading R library from rpy2: OK Additional directories to load R packages from: None

所以现在看起来我已经R_HOME为变量，但我在执行我的 python 代码时仍然遇到同样的错误。我尝试在终端中卸载 rpy2，然后按照本文中的一些逻辑使用终端重新安装。我被困住了，不确定接下来应该尝试什么，所以感谢您的帮助。

以下是我想运行的 python 代码：

import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages
from rpy2.robjects.vectors import StrVector

packageNames = ('pdftools', 'dplyr', 'stringi', 'knitr', 'markdown', 'rmarkdown')
utils = rpackages.importr('utils')
utils.chooseCRANmirror(ind=1)

packnames_to_install = [x for x in packageNames if not rpackages.isinstalled(x)]

if len(packnames_to_install) > 0:
utils.install_packages(StrVector(packnames_to_install))

Answer 1

试试这个：

pip uninstall rpy2
pip list --outdated
pip install --upgrade wheel
pip install --upgrade setuptools
pip install rpy2