如何在 SageMaker 笔记本实例上安装 R 包?

Question

我试图在 Sagemaker 中启动一个 R 笔记本，我输入了

install.packages("disk.frame")

它给了我错误

also installing the dependencies ‘listenv’, ‘dplyr’, ‘rlang’, ‘furrr’, 
‘future.apply’, ‘fs’, ‘pryr’, ‘fst’, ‘globals’, ‘future’
Warning message in install.packages("disk.frame"):
“installation of package ‘rlang’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("disk.frame"):
“installation of package ‘fs’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("disk.frame"):
“installation of package ‘pryr’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("disk.frame"):
“installation of package ‘fst’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("disk.frame"):
“installation of package ‘dplyr’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("disk.frame"):
“installation of package ‘disk.frame’ had non-zero exit status”
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done

如何在 Sagemaker 上安装 R 包？

Answer 1

感谢您使用 Amazon SageMaker。

此问题已解决，您应该能够使用

install.packages("disk.frame")

或

install.packages("disk.frame", repo="https://cran.rstudio.com/")

我测试了它，并能够成功安装带有输出的软件包

also installing the dependencies ‘listenv’, ‘benchmarkmeData’, ‘doParallel’, ‘bigassertr’, ‘bit’, ‘dplyr’, ‘rlang’, ‘furrr’, ‘future.apply’, ‘fs’, ‘pryr’, ‘fst’, ‘globals’, ‘future’, ‘benchmarkme’, ‘bigreadr’, ‘bit64’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done

Answer 2

我认为您只需要指定一个存储库。例如，设置 RStudio CRAN 存储库，我可以完美安装。

install.packages("disk.frame", repo="https://cran.rstudio.com/")

Answer 3

我在 sagemaker 实例上安装 odbc 时遇到了同样的错误。我试过了 遥控器：：install_github(( 或 开发工具：：install_github((

以及： install.packages('odbc'， repo="https://cran.rstudio.com/"(

几乎在每个实例中，我都会收到相同的警告 "软件包'odbc'的安装具有非零退出状态"正在更新 '.图书馆' 制作"包装.html" ...做

如果我尝试调用包： 库中的错误(odbc(：没有名为"odbc"的包 追踪：

1. 图书馆(ODBC(

Answer 4

我按照指示进行操作： https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/creating-a-persistent-custom-r-environment-for-amazon-sagemaker/

这段代码对我有用

system("conda install -n R -c conda-forge r-rjava")

其中 are-rjava 是来自 Anaconda 云的软件包名称。您可以在此处找到特定的软件包名称/版本：https://anaconda.org/

Answer 5

在 SageMaker 中，单击"文件">"新建">"终端"。

在该终端中键入conda install -c conda-forge r-disk.frame并按 Enter 键。

如果需要在 SageMaker 上安装其他 R 包，请在 https://anaconda.org/上搜索它们，其中将显示要在终端中输入的内容以进行下载。

Answer 6

如果您仍然遇到错误，我找到了解决方法。很简单。我在我已经创建的另一篇文章中回答了这个问题。对不起：

在 Sagemaker Jupyter Notebook 实例上安装 RODBC 或 ODBC 时出错