如何在书本/针织文档中生成带有 R 函数的脚注 URL 链接

Question

我尝试通过R函数生成URL链接。这些链接主要包含在脚注中。

我在文本引用中生成链接，这在 html 输出中效果很好。但是在PDF(乳胶(中，它没有。在文档中，我只看到空的(ref：some-text-ref(行。

我在RStudio工作，所有软件包都是最新的。

我查看了 Bookdown 添加 URL 作为脚注。重新定义 href 的提议解决方案并不令人满意，因为我仍然希望能够在非脚注上下文中使用 href。此外，这里的问题似乎出在其他地方，因为链接不包含在 html 或 pdf 输出中。

下面的代码演示了该问题。

---
author: "Author"
date: "`r Sys.Date()`"
title: Testing footnotes
site: bookdown::bookdown_site
link-citations: yes
toc-depth: 2
always_allow_html: yes
output:
  bookdown::gitbook:
      lib_dir: assets
      css: style.css
      split_by: section
      highlight: pygments
  bookdown::pdf_book:
      template: null
      latex_engine: xelatex
      keep_tex: yes
      highlight: pygments
---
```{r global-helpers, include=FALSE, results='hide'}
library(stringr)
github_base_url = "https://github.com/user/repo/tree/master"
make_github_link <- function(..., text = ""){
  subdirs <- list(...)
  if (length(subdirs) == 0) {
    directory = ""
  } else {
    directory = paste(...,sep="/")
  }
  url = paste(github_base_url, directory, sep="/")
  if (text == ""){
    base = str_match(github_base_url, "(https://)([a-z/.-].*)(tree/master)")[3]
    link_text = paste0(base, directory)
  } else {
    link_text = text
  }
  sprintf("[%s](%s)", link_text, url)
}
```
```{r setup_knitr, include=F, results='hide'}
options(bookdown.clean_book = TRUE)
options(knitr.graphics.auto_pdf = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(error=TRUE,
                      warning=TRUE,
                      message=FALSE,
                      echo=FALSE,
                      cache=TRUE,
                      dpi=300,
                      fig.width=7, # Default figure widths
                      fig.asp=0.618,
                      fig.align="center",
                      fig.path = "./figures/",
                      out.width = "70%",
                      crop = TRUE,
                      tidy=TRUE)
knitr::opts_knit$set(eval.after='fig.cap',
                     verbose=TRUE,
                     digits=2)

## a common hook for messages, warnings and errors
hook_lst_bf = function(x, options) {
    paste("\begin{lstlisting}[basicstyle={\bfseries}]n", x, 
        "\end{lstlisting}n", sep = "")
}
knitr::knit_hooks$set(source = function(x, options) {
    paste("\begin{lstlisting}[language=Python,stepnumber=2,basicstyle=\footnotesize]n", x, 
        "\end{lstlisting}n", sep = "")
}, output = function(x, options) {
    paste("\begin{lstlisting}[basicstyle={\ttfamily},basicstyle=\footnotesize]n", x, 
        "\end{lstlisting}n", sep = "")
}, warning = hook_lst_bf, message = hook_lst_bf, error = hook_lst_bf)

inline_hook <- function (x) {
  if (is.numeric(x)) {
    res <- ifelse(x == round(x),
      sprintf("%d", x),
      sprintf("%.3f", x)
    )
    paste(res, collapse = ", ")
  }
}

knitr::knit_hooks$set(inline = inline_hook,
                      rgl = rgl::hook_rgl,
                      crop = knitr::hook_pdfcrop,
                      optipng = knitr::hook_optipng)
```

#  Heading
(ref:footnote-link) `r make_github_link("code")`
That's a sentence with a footnote^[(ref:footnote-link)]. The footnote should contain a link.

Answer 1

自己发现了问题。这是inline_hook。将其从以下位置更改为：

inline_hook <- function (x) {
  if (is.numeric(x)) {
    res <- ifelse(x == round(x),
      sprintf("%d", x),
      sprintf("%.3f", x)
    )
    paste(res, collapse = ", ")
  }
}

自：

hook_inline = knitr::knit_hooks$get('inline')
inline_hook <- function (x) {
  if (is.numeric(x)) {
    res <- ifelse(x == round(x),
      sprintf("%d", x),
      sprintf("%.3f", x)
    )
    paste(res, collapse = ", ")
  } else {
    hook_inline(x)
  } 
}

它有效。

似乎其他人使用相同的钩子 格式内联输出 以文本上下文为条件，

knitr 中非数字变量的内联代码块

来自这篇博客文章，它仅适用于数字输出并丢弃任何字符输出。