r闪亮 /闪亮的服务器 - 查找包装的问题

Question

我已经在Ubuntu服务器上安装了闪亮的服务器。我在正在工作的开发服务器上进行了类似的安装。r会话打开时，加载一些软件包。该应用程序在本地运行良好，但我收到的消息在Shiny-Server上运行时找不到这些软件包。

应用程序上的错误

During startup - Warning messages:
1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘shiny’
2: package ‘shiny’ in options("defaultPackages") was not found 
3: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘data.table’
4: package ‘data.table’ in options("defaultPackages") was not found 
5: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘optiRum’
6: package ‘optiRum’ in options("defaultPackages") was not found 
Error in eval(expr, envir, enclos) : 
  The Shiny package was not found in the library. Ensure that 
Shiny is installed and is available in the Library of the 
user you're running this application as.
Calls: local -> eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval
Execution halted

在rprofile.site我有

# ## Example of Rprofile.site
 local({
#  # add MASS to the default packages, set a CRAN mirror
  old <- getOption("defaultPackages"); r <- getOption("repos")
#  r["CRAN"] <- "http://my.local.cran"
  options(defaultPackages = c(old, "shiny","data.table","optiRum"), repos = r)
})
.First <- function() {
   cat("n   Welcome to R!nn")
#    setwd("/home/OPTIMUMCREDIT/R/Projects")
    Sys.umask(mode="0002")
}
.libPaths(c("/home/R/WorkingPackages","/home/R/ApprovedPackages"))

在Shiny-Server Config I中，我只有默认配置（因此运行为Shiny和默认端口）。

我的sessioninfo（）

> sessionInfo()
R version 3.0.3 (2014-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C         LC_TIME=C            LC_COLLATE=C         LC_MONETARY=C        LC_MESSAGES=C        LC_PAPER=C          
 [8] LC_NAME=C            LC_ADDRESS=C         LC_TELEPHONE=C       LC_MEASUREMENT=C     LC_IDENTIFICATION=C 
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.3.1  scales_0.2.3     RCurl_1.95-4.1   bitops_1.0-6     rstudio_0.98.501 optiRum_0.30     data.table_1.9.2 shiny_0.8.0     
loaded via a namespace (and not attached):
 [1] MASS_7.3-29        RColorBrewer_1.0-5 RJSONIO_1.0-3      Rcpp_0.11.0        caTools_1.16       colorspace_1.2-4   dichromat_2.0-0   
 [8] digest_0.6.4       grid_3.0.3         gtable_0.1.2       httpuv_1.2.3       labeling_0.2       munsell_0.4.2      plyr_1.8.1        
[15] proto_0.3-10       reshape2_1.2.2     stringr_0.6.2      tools_3.0.3        xtable_1.7-3

我尝试添加一条消息，以在我的代码中输出library(shiny)上方的LIBPATH，但不幸的是发生了相同的错误消息。我做了一些卸载和重新安装，因为我首先要安装了一些异常的光泽，然后记得我需要光泽，但没有喜悦。我已经确认将Shiny安装在批准的包装中。我添加了加载时的包装，希望解决问题或找到更多信息。

更新 - 作为Shiny 运行啊 - 情节变厚...登录用户在控制台上登录引起了相同的警告，该应用程序正在获取，并且.libpaths（）不像其他所有人：

> sessionInfo()
R version 3.0.3 (2014-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_GB.UTF-8        LC_COLLATE=en_GB.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"

我有点困难，希望有人可以将我指向正确的方向来解决问题。

Answer 1

对不起。您可以尝试运行以下命令以安装范围内的系统范围吗？

sudo su - 
  -c "R -e "install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')""

这来自管理指南，该指南（希望）将在此类问题上充当有用的资源。

我怀疑问题在于您的用户帐户中确实已正确安装了Shiny，但是由于它没有安装为Sudo，因此shiny用户可用于。

编辑：

当shiny用户启动R进程时，您还需要确保应用Rprofile.site。您可以通过登录为shiny来做到这一点：

sudo su shiny

然后打开R并检查.libPaths()或查看您是否可以在那里成功运行library(shiny)。如果您不能这样做，那么让shiny用户进入您的共享软件包目录或您的Rprofile.site文件（或其父级目录）可能存在问题。确保将shiny用户添加到必要的组中，或者这些文件及其所有父目录授予shiny用户适当的权限。