如何在 Matlab 中优化并行化的嵌入式循环索引

Question

目前我正在做一个项目，我想提高执行速度。我对并行编码完全陌生。我的程序最初有六个循环，我管理将其优化为三个循环，执行时间减少 300%。从我所研究的内容我认为问题出在索引上。我在之前的循环中已经使用了parfor，但索引是i = 1：vs_max-1。

在下面的代码中：

for i = 1:vs_max-1
 for j = i+1:vs_max-1
  d = max(abs(X(i,:)-X(j,:)));
  DD = exp(-(d/r)^n);
  D(i,j) = DD;
  D(j,i) = DD;
  while (i~=vs_max)
    d2 = max(abs(X2(i,:)-X2(j,:)));
    DD2 = exp(-(d2/r)^n);
    D2(i,j) = DD2;
    D2(j,i) = DD2;
    break;
  end
 end
end

我相信问题出在第二个循环索引中，其中 j 也需要 i 值当我们有多个线程时，我们可以多次访问这些值。

谁能帮我重新索引这个循环，以便parfor不提示或提供其他类型的代码优化，以使上面的代码变得更快？

提前感谢您的善意阅读和回答我的帖子。

Answer 1

你基本上是在上三角矩阵中生成索引。随着i值向vs_max-1发展，线条越来越短。这不能很好地分布在多个线程之间，除非正在执行一些动态工作调度（例如，如果您碰巧熟悉 OpenMP，则类似于 schedule(dynamic)）。

您可以"扁平化"事物并运行单个循环，并使用一些数学运算将迭代次数转换为(i,j)对，例如，请参阅此问题以获取可能的解决方案。如果有足够的内存，还可以使用预填充的所有可能的(i,j)对的列表，然后使用它快速计算迭代编号i和j。

顺便说一句：计算的第二部分看起来很奇怪。为什么要把它放在一个总是执行并且只执行一次的while循环中（i ~= vs_max总是正确的，因为i永远不会达到vs_max并且break在第一次迭代后终止它）？