使用 R 比较来自 2 个不同文件的列

Question

>我有 2 个文件如下

文件 1：

Locus   S1  S2  S3
loc1    87  56  77
loc2    34  55  75
loc3    12  09  78
loc4    34  67  89
loc5    78  65  46

文件 2：

Locus   S1  S2  S3
loc3    13  43  34
loc5    43  56  90
loc7    89  56  33
loc1    56  88  00
loc4    66  77  98
loc2    34  44  66

我想比较/匹配两个文件中的"轨迹"列，这样，在"new_output文件"中，我应该有 File1 中"轨迹"列的序列和 File2 中相应轨迹的值。

所以我的"new_output文件"应该是这样的，

Locus   S1  S2  S3
loc1    56  88  00
loc2    34  44  66
loc3    13  43  34
loc4    66  77  98
loc5    43  56  90

我尝试了类似的东西，

file1 <-read.delim(file="file1.txt",header=TRUE,sep="t")
file2 <-read.delim(file="file2.txt",header=TRUE,sep="t")
new_output <- file1[file1$Locus %in% file2$Locus,]
write.table(new_output,file="new_output.txt",sep="t")

但这并没有真正以我想要的方式给我结果。谁能帮我解决这个问题？告诉我，我哪里做错了？

Answer 1

您可以使用

函数merge：

merge(file1["Locus"], file2, by = "Locus")
#  Locus S1 S2 S3
#1  loc1 56 88  0
#2  loc2 34 44 66
#3  loc3 13 43 34
#4  loc4 66 77 98
#5  loc5 43 56 90

Answer 2

你很接近。代替%in%，使用match：

new_output <- file2[match(file1$Locus, file2$Locus), ]

您还可以使用Locus作为行名：

file1 <-read.delim(file = "file1.txt", header = TRUE, sep = "t", row.names = 1)
file2 <-read.delim(file = "file2.txt", header = TRUE, sep = "t", row.names = 1)
new_output <- file2[rownames(file1$Locus), ]