我需要用Python实现一个项目，该项目通过FFT，互相关，3D谐波和SVM（机器学习）工具处理冷冻EM电子密度扫描（MAP格式）中的氨基酸检测。
有几十个可用的 Python 包，我没有找到足够全面的比较表。为了避免尝试现有的每个函数，请告诉我谁曾经应用过这样的函数，让我使用最合适的包来专注于算法问题，而不是重新发明经典函数的轮子。
我将从安装"SciPy Stack"开始，其核心软件包包括（除其他外）：
- NumPy，数值计算的基本软件包。它定义了数值数组和矩阵类型以及对它们的基本操作。
- SciPy 库是数值算法和特定领域工具箱的集合，包括信号处理（包括 FFT）、优化、统计等等。
- Matplotlib，一个成熟且流行的绘图包，提供出版质量的 2D 绘图以及基本的 3D 绘图
- Pandas，提供高性能、易于使用的数据结构。
许多其他软件包都基于这些核心软件包构建：
- 由于您正在使用生物数据，我还建议您安装BioPython
- 要使用 SVM 并进行机器学习，请安装 scikit-learn
- 我从未使用过它，但专门用于处理冷冻电镜电子密度扫描，存在 TEMPy：
一个面向对象的 Python 库，旨在帮助用户 分析大分子组装体的结构，特别是在 3D电子显微镜密度图的背景。
另请参阅此相关问题。