R-森林图:我想按照包装建议修改现有的fpdrawnormalci

Question

激励示例 - 我需要为符号填充和未填充的圆圈做一个森林图。

forestplot(labeltext = labelstrings,
       fn.ci_norm = c(fpDrawCircleCI, fpDrawPointCI),
       mean=cbind(df.both$mauc, df.both$mcmax), 
       lower=cbind(df.both$lauc, df.both$lcmax),
       upper=cbind(df.both$uauc, df.both$ucmax),
       xlog=TRUE,
       boxsize=0.4,
       pch=1,
       xticks = c(0.33,0.5,0.8,1,1.25,2,3),
       col=fpColors(box=c("black","black"),line=c("black","black")),
       txt_gp = fpTxtGp(xlab=gpar(cex=1),ticks=gpar(cex=0.8)))`

但符号的大小略有不同（fpdrawpointci比fpdrawcircleci小）。如果我尝试FPDrawPointCi，我将无法接受PCH值的向量。

我尝试了

fn.ci_norm = c(fpDrawPointCI(pch=1), fpDrawPointCI(pch=19)

但这无效。

因此，我尝试在加载库（forestplot）之后，但在我的forestplot命令之前尝试创建这个。

。

fpDrawPointCIfilled <- function (lower_limit, estimate, upper_limit, size,
    y.offset = 0.5, clr.line, clr.marker, lwd, lty = 1, vertices, 
    vertices.height = 0.1, pch = 16, ...) 
{
    prFpDrawLine(lower_limit = lower_limit, upper_limit = upper_limit, 
        clr.line = clr.line, lwd = lwd, lty = lty, y.offset = y.offset, 
        vertices = vertices, vertices.height = vertices.height)
    box <- convertX(unit(estimate, "native"), "npc", valueOnly = TRUE)
    if (box >= 0 && box <= 1) {
        if (!is.unit(size)) {
        size <- unit(size, "snpc")
    }
    grid.points(x = unit(estimate, "native"), y = unit(y.offset, 
        "npc"), size = size, pch = pch, gp = gpar(fill = clr.marker, 
        col = clr.marker))
}}

它返回一个错误，说FPDrawPointCifild（）中的错误：找不到函数PRFPDRAWLINE。任何人都可以发布一个示例，说明他们如何修改了FPDRAWNORMALCI在森林图中的功能？

谢谢克里斯

Answer 1

尝试使用您的初始干净代码并添加以下内容：

meta.ci.pch = 21

（或任何其他代码）为点样式设置大小和形状。您可以使用?points查看绘制字符的所有样式。您可以在串联列表中设置整个样式的列表，该列表与图的数量一样长。只是串联：

meta.ci.pch = c(19, 3, 9)

您最终会为每个符号提供不同的符号。

我认为您可以通过以下方式改变圆的大小：

circles.cex = 1.1   or   circles.cex = .8

或任何其他数字，指示默认大小的110％或默认大小的80％。但是第一个应该允许您使用空心和填充的形状。

Answer 2

故障排除您遇到的特定问题是prfpdrawline函数未从forestplot库导出；这是一个内部功能。标准警告是，未将来的库中未来的警告可能会改变功能。就是说...

如果将prFpDrawLine替换为forestplot:::prFpDrawLine，则三重冒号将查看库中可能会或可能不会导出的对象。在这种情况下，它将找到非出口函数prFpDrawLine，并且您的代码应起作用。

比尔