将samtools二进制文件复制到某些目录的位置

Question

我正在我的Mac OS X上安装袖扣，下面是说明:

http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html

在下安装SAM工具我遵循下面的说明

下载SAM工具
1. 解压缩SAM tools的tarball文件并将其cd到SAM tools的源目录。
2. 通过在命令行输入make来构建SAM工具。
3. 选择一个目录，您希望将SAM工具二进制文件(包含的库libam)复制到该目录。A，以及库头文件。常见的选择是/usr/local/。
4. libbam副本。a到你上面选择的文件夹中的lib/目录(例如/usr/local/lib/)
在include/目录下创建一个名为bam的目录(例如/usr/local/include/bam)
5. 将头文件(以。h结尾的文件)复制到你上面创建的include/bam目录(例如/usr/local/include/bam)
6. 复制samtools二进制文件到你的PATH目录下。

我已经完成了前7步，但我不确定如何进行最后一步(#8):我应该使用命令:

sudo cp -a samtools-0.1.18 /usr/local/

或进入其他目录?步骤8中的PATH表示什么?谢谢!

Answer 1

为了回答你的问题，我将介绍一些帮助我理解二进制文件及其位置的基本linux知识。

在linux中，您可以通过键入二进制文件的完整路径来运行二进制文件，二进制文件将运行。例如，如果我在/usr/local/bin中有一个名为foo的二进制文件，我将运行命令/usr/local/bin/foo，并运行foo二进制文件。

PATH的目的是一个快捷方式，这样您就不需要输入二进制文件的完整路径，只需要输入二进制文件的名称。PATH是一个变量，它包含您希望应用快捷方式的所有具有二进制文件的目录。因此，参考前面的例子，如果/usr/local/bin在我的PATH变量中，那么我可以只运行foo。

因此，为了回答您的问题，您可以通过运行命令echo $PATH来告诉您的PATH中有哪些目录，如果其中一个目录是您的samtools二进制文件所在的目录，那就好了!!如果没有，您可以将samtools二进制文件移动到其中一个目录中，这样您就不必在每次要运行二进制文件时都放置完整路径。