我写了一个Rmarkdown文件，它加载了一些数据，并生成了一个很酷的kableExtra表，其中包含一些符号、自定义颜色和线条，并将其打印为pdf。
当我打开Rmarkdown文件并进行编织时，它工作得很好，并产生我想要的确切输出。
我现在想使用一个R脚本，它循环遍历一些不同的数据子集，为每个子集生成一个新表(以及单独的输出pdf)。因此，我需要从.R文件中调用我的.Rmd文件。
然而，当我这样做时(使用rmarkdown::render函数)，我会得到直接从.Rmd文件中编织时不会发生的错误。
下面是一个功能齐全的.Rmd文件，它与我在实际数据中使用的文件类似。我从第二个R脚本调用它，行为rmarkdown::render("table_creator.Rmd", pdf_document(latex_engine = "xelatex"))。
我遇到的第一个错误是Error: Functions that produce HTML output found in document targeting latex output.。我将always_allow_html: yes添加到.Rmd文件的标头中，然后重试。再次直接编织.Rmd文件效果良好。从.R脚本调用它现在会产生错误：! Undefined control sequence.
l.94 ...oupfontsize{16}{18}selectfont textcolor
[HTML]{ffde71}{$bullet$}...
在这一点上，我认为渲染使用的设置与直接编织.Rmd文件时使用的设置不同。这几乎就像它没有解析.Rmd文件的完整标头，但我不确定。在这一点上，我不知道该如何进行，如果有任何帮助，我将不胜感激。
---
title: ""
output:
pdf_document:
latex_engine: xelatex
header-includes:
- usepackage[T1]{fontenc}
- setmainfont{Helvetica}
- DeclareTextCommand{nobreakspace}{TU}{leavevmodenobreak }
---
```{r, echo=FALSE, message = FALSE, warning = FALSE}
# Packages
suppressMessages(library(kableExtra))
suppressMessages(library(dplyr))
table_info <- data.frame(Symbol = c("$\bullet$", "$\blacksquare$",
"$\blacklozenge$", "x", "+", "$\bullet$"),
Name = letters[1:6],
Results = sample(c("good", "bad"), 6, replace = TRUE),
FontSize = c(16, 10, 11, 16, 16, 18),
Color = c("#ffde71", "#0c0000", "#0c0000", "#0c0000",
"#0c0000", "#cb6f86"))
ktable <- table_info %>%
mutate(Symbol = cell_spec(Symbol, color = Color,
font_size = FontSize,
escape = FALSE,
format = "latex")) %>%
select(-Color, -FontSize) %>%
kable(escape = FALSE, align = c("l", "l", "l"),
booktabs = TRUE) %>%
row_spec(1:5, hline_after = TRUE) %>%
row_spec(1:6, color = "gray") %>%
column_spec(1, "1.5em")
```
```{r, echo=FALSE}
ktable
```
编辑：附加上下文信息sessionInfo()的输出：
sessionInfo()R版本3.4.3(2017-11-30)平台：x86_64-apple-darwin17.3.0(64位)运行环境：macOS High Sierra 10.13.1
矩阵产品：默认BLAS:/System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylibLAPACK:/System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libLAPACK.dylib
区域设置：[1] en_US.UTF-8/en-US.UTF-8/en_UTF-8/C/en.UTF-8_en_US.UTF-8
附加的基本包：[1] 统计图形grDevices实用程序数据集方法基础
其他附加包裹：[1] bindrcpp_0.2 dplyr_07.4电缆附加_0.9.0标记向下_1.9
通过命名空间加载(未附加)：[1] Rpp_0.12.15 rstudioapi_0.7 bindr_0.1 knifer_1.20 xml2_1.2.0
[6]magrittr_1.5 hms_04.2 rvest_0.3.2 munsell_04.3 viridisLite_03.0[11] 颜色空间_1.3-2 R6_2.2.2 rlang_0.1.6 plyr_1.8.4字符串_1.2.0
[16]httr_1.3.1工具_3.4.3 htmltools_0.3.6 yaml2.1.18组件_0.2.0[21]rprojroot_1.3-2摘要_0.6.15 tibble_1.4.2阅读器_1.1.1胶水_1.2.0
[26]评估者_0.10.1字符串_1.1.6编译器_3.4.3支柱_1.1.0缩放-0.5.0
[31]后台_11.1.2 pkgconfig_2.0.1
我将返回到这个问题，因为我也遇到了类似的问题。问题是，我可以手动编织PDF，但一旦我通过R中的脚本完成，我就会收到Error in xml_children(x)[[search]] : subscript out of bounds错误。
我能够确定这源于kable生产中的row_spec()，但在删除row_spec()调用后，我遇到了error: Functions that produce HTML output found in document targeting latex output.错误。
奇怪的是，这只发生在我项目的一个特定分支上，而不是主要分支。但是，转向主要分支并没有纠正这个问题。重新启动R完成。进一步加剧问题的是，如果我在主分支中启动R，然后切换到开发分支，但没有自动重新获取所有内容，则不会出现错误。这表明错误出现在开发分支的新脚本中。
因此，我在通过主分支和开发分支加载R时进行了sessionInfo()调用，发现在我的一个较新脚本中，我有一个额外的library(kableExtra)，它是在所有其他包都被引入后加载的(已经包括一个kableExtra调用)。出于某种奇怪的原因，这个额外的kableExtra调用还引入了virisdisLite和webshot，这两个包最初没有出现在最初的kableExtra调用中。
一旦删除了额外的library(kableExtra)，问题就解决了，不再调用两个额外的包virisdisLite和webshot，render()到pdf也不再有任何问题。