使用热图将行名称添加到热图中

Question

我正在绘制rstudio中某些基因表达的热图，但是行名称（应该是样本或基因名称）被数字替换。我检查了一些帖子，但没有机会。对不起，如果这是一个简单的问题或重复的问题，我是R.

的新手。

这是我的R脚本：

###############################################################
library(heatmaply)
filename <- "TFzebra-TMM-name.matrix"
head(filename)
my_data <- read.table(filename, sep='t', quote='', stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE)
head(my_data)
dim(my_data)
nrow(my_data)
ncol(my_data)
row.names(my_data) <- my_data$samples
head (my_data)
my_data <- my_data[, -1]
head(my_data)
data <- my_data/rowSums(my_data)
my_matrix <- as.matrix(data) 
heatmaply(data, xlab = "Features", ylab = "Transcription Factors", 
          scale = "column",
          main = "Data transformation using 'scale'",
          margins = c(60,100,40,20))

注意：

> head (my_data)
    samples   J1 J2 J3    H1    H2    H3
1   zf-C2H2 0.00  0  0 0.507 0.232 0.540
2     baz2a 0.00  0  0 0.355 0.342 0.132
3    baz2ab 0.00  0  0 0.091 0.070 0.163
4    kdm5ba 0.00  0  0 1.835 0.856 1.527
5      dbpa 0.00  0  0 5.344 5.355 0.000
6 LOC555983 0.02  0  0 0.294 0.634 0.835

Note2：

> my_data <- my_data[, -1]
> head(my_data)
    J1 J2 J3    H1    H2    H3
1 0.00  0  0 0.507 0.232 0.540
2 0.00  0  0 0.355 0.342 0.132
3 0.00  0  0 0.091 0.070 0.163
4 0.00  0  0 1.835 0.856 1.527
5 0.00  0  0 5.344 5.355 0.000
6 0.02  0  0 0.294 0.634 0.835

Answer 1

您应该将第一列添加到行。名称属性（使用Rownames函数，是的，我知道，这不是很一致）。那就是：

rownames(my_data) <- my_data[, 1]
my_data <- my_data[, -1]
library(heatmaply)
heatmaply(my_data) # should now work

将来 - 请记住，由于您要求人们从他们的时间（免费）提供帮助，因此您必须首先向他们展示您已经努力充分利用他们的时间。因此，在您发布此处之前，请确保您将问题扩展到包含所有必要的信息，以便人们回答它（特别是要包含一个自包含的示例）。请阅读以下两个指南，了解如何写一个好问题，这将有助于确保您将来获得所需的帮助：http://stackoverflow.com/help/how-to-ask