r-`bookdown`/`rmarkdown`/`knitr`:如何进行非代码顺序处理

Question

我的bookdown项目按程序进行如下：

1. 读取原始数据-生成各种统计数据
2. 数据预处理(对数化、归一化、插补(-生成各种图，用于监测所产生的群体水平缺陷
3. 用于分析QC的主成分分析-生成主成分分析和负载主导数据点的图
4. 差异表达分析-生成火山图和具有显著差异表达特征的图
5. 对来自4。在各种生物本体系统中-为丰富的类别生成示例条形图

我使用bookdown很好地集成了分析和叙述，能够有效地动态丢弃临时(相当大的(数据集/ggplot2对象(转换前/转换后数据等(。

HOWEVER：目标受众大多/只对4感兴趣&5.，引导我进入渴望的以下结构：

4.，5.，附录(1.，2.，3.(

除了预计算1.-5之外，还有其他方法吗。然后按目标顺序重新访问——如果可能的话，我宁愿避免在内存中累积所有ggplot2对象。

Answer 1

您可以执行以下操作：

1. 将步骤1-3和4-5拆分为两个特定的*.Rmd文件，如123.Rmd和45.Rmd
2. 在45.md的开头添加一个代码块，将123.Rmd编织为123.md：

```{r knit123, include = FALSE} knitr::knit("123.Rmd", output = "123.md") ```

这将在Markdown中生成步骤1-3的输出，并使由此创建的所有对象可用于步骤4-5。

3. 在45.Rmd的末尾添加一个代码块，读取123.md打印其内容：

```{r include123, results = "asis"} cat(readLines("123.md"), sep = "n") ```

results = "asis"将阻止任何进一步的处理，因为它已经是有效的Markdown。

4. 将45.Rmd编织成您想要的任何目标格式

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编辑(1( ：

TL；DR：不要在整个步骤4-5中将步骤1-3中的对象存储在内存中以便随后打印，而是先打印并将结果存储在磁盘上。

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编辑(2(：

既然你明确提到了bookdown：如果有一个YAML选项在编织过程结束时包括一个Markdown文件(类似于include-after: 123.md(，我不会感到惊讶；但我不太确定，我也懒得自己查