r语言 - Rcpp 编译错误： 'clang： 错误： 没有这样的文件或目录： '/usr/local/lib/libfontconfig.a'

Question

我试图在R中运行这种代码的和平（归功于作者）：

require(Rcpp)
require(RcppArmadillo)
require(inline)
cosineRcpp <- cxxfunction( 
  signature(Xs = "matrix"), 
  plugin = c("RcppArmadillo"),
  body='
    Rcpp::NumericMatrix Xr(Xs);  // creates Rcpp matrix from SEXP
    int n = Xr.nrow(), k = Xr.ncol();
    arma::mat X(Xr.begin(), n, k, false); // reuses memory and avoids extra copy
    arma::mat Y = arma::trans(X) * X; // matrix product
    arma::mat res = (1 - Y / (arma::sqrt(arma::diagvec(Y)) * arma::trans(arma::sqrt(arma::diagvec(Y)))));
    return Rcpp::wrap(res);
')

经过几次修复后，出现以下错误：

Error in compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) : 
  Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! 
clang: error: no such file or directory: '/usr/local/lib/libfontconfig.a'
clang: error: no such file or directory: '/usr/local/lib/libreadline.a'
make: *** [file5a681e35ebe1.so] Error 1
In addition: Warning message:
running command '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD SHLIB file5a681e35ebe1.cpp 2> file5a681e35ebe1.cpp.err.txt' had status 1 

我过去经常使用Rcpp。但是从现在到那时，我的计算机已被重新格式化，并且所有安装都使用自制软件重新完成。

我用brew安装了cairo：brew install cairo

libreadline.a错误已通过以下方式解决：

brew link --force readline

但是同样对libfontconfig.a不起作用，因为已经链接了：

brew link --force fontconfig
Warning: Already linked: /usr/local/Cellar/fontconfig/2.11.1
To relink: brew unlink fontconfig && brew link fontconfig

我本来以为fontconfig在cairo之内.事实上，当我打字时

brew install fontconfig
Warning: fontconfig-2.11.1 already installed

但事实是，/usr/local/lib/没有libfontconfig.a：

ls /usr/local/lib/libfont*
/usr/local/lib/libfontconfig.1.dylib 
/usr/local/lib/libfontconfig.dylib

使用非常可疑的方法，转到此处并下载它，代码运行，但仍给出相应的警告，因为该文件对应于不同的os.x架构（我没有找到10.9的架构）：

+ . + ld: warning: ignoring file /usr/local/lib/libfontconfig.a, missing required architecture x86_64 in file /usr/local/lib/libfontconfig.a (2 slices)

所以在这个阶段我有点迷茫。

如何安装 libfontconfig.a 或查找 10.9 版本？

万一有任何用处，我安装了Xcode，我在Mac 10.9.5上，基于这个非常好和详细的答案，我的~/.R/Makevars文件看起来像：

CC=clang
CXX=clang++
FLIBS=-L/usr/local/bin/

Answer 1

您的系统设置已损坏。 R 和 Rcpp 都与 clang 无关（除非您选择 clang 作为系统编译器）或 fontconfig。

所以开始更简单：

R> library(Rcpp)
R> evalCpp("2 + 2")
[1] 4
R>

这只是表明我的系统有一个可以与之通信的工作编译器R（和Rcpp）。 我们可以更明确地说明：

R> evalCpp("2 + 2", verbose=TRUE)
Generated code for function definition: 
--------------------------------------------------------
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
SEXP get_value(){ return wrap( 2 + 2 ) ; }
No rebuild required (use rebuild = TRUE to force a rebuild)
[1] 4
R>

R足够聪明，不会重建。 然后我们可以强制构建

R> evalCpp("2 + 2", verbose=TRUE, rebuild=TRUE)
Generated code for function definition: 
--------------------------------------------------------
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
SEXP get_value(){ return wrap( 2 + 2 ) ; }
Generated extern "C" functions 
--------------------------------------------------------

#include <Rcpp.h>
// get_value
SEXP get_value();
RcppExport SEXP sourceCpp_0_get_value() {
BEGIN_RCPP
    Rcpp::RObject __result;
    Rcpp::RNGScope __rngScope;
    __result = Rcpp::wrap(get_value());
    return __result;
END_RCPP
}
Generated R functions 
-------------------------------------------------------
`.sourceCpp_0_DLLInfo` <- dyn.load('/tmp/Rtmpeuaiu4/sourcecpp_6a7c7c8295fc/sourceCpp_2.so')
get_value <- Rcpp:::sourceCppFunction(function() {}, FALSE, `.sourceCpp_0_DLLInfo`, 'sourceCpp_0_get_value')
rm(`.sourceCpp_0_DLLInfo`)
Building shared library
--------------------------------------------------------
DIR: /tmp/Rtmpeuaiu4/sourcecpp_6a7c7c8295fc
/usr/lib/R/bin/R CMD SHLIB -o 'sourceCpp_2.so' --preclean  'file6a7c6d1fc2d6.cpp'  
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG    -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include" -I"/tmp/Rtmpeuaiu4"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -c file6a7c6d1fc2d6.cpp -o file6a7c6d1fc2d6.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o sourceCpp_2.so file6a7c6d1fc2d6.o -L/usr/lib/R/lib -lR
[1] 4
R> 

在这一点上，您会看到我这边的系统详细信息（Linux，也使用 ccache），这对您来说会有所不同。

之后，尝试（Rcpp）犰狳单行等。