Snakemake：由于错误的通配符扩展而'Missing input files'

Question

我是snakemake的新手，我想编写一个非常简单的蛇形，其规则将每个输入文件分别处理为输出文件，但是某种程度上我的通配符没有正确解释。<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<</p>

我已经在Ubuntu 18.04中设置了一个最小的，可重现的示例环境，其中输入文件" test/test1.txt"，" test/test/test2.txt"和snakefile。(Snakemake版本5.5.4(

蛇：

ins = glob_wildcards("test/{f}.txt")
rule all:
  input: expand("out/{f}.txt", f=ins)
rule test:
  input: "test/{f}.txt"
  output: "out/{f}.txt"
  shell: "touch {output}"

此蛇在构建工作的dag时会丢下以下错误：

Missing input files for rule test:
test/['test1', 'test2'].txt

有什么想法如何解决此错误？

Answer 1

我认为您需要使用ins.f或类似的东西：

expand("out/{f}.txt", f= ins.f)

原因在FAQ

中解释

[glob_wildcards返回]一个命名的元组，其中包含一个值列表 对于每个通配符。