如何为 Python2 安装特定版本的 RDKIT 库?

Question

我需要安装2019年之前发布的rdkit库版本，当时删除了对Python 2的支持。这是使用此库所必需的：https://github.com/brain-research/deep-molecular-massspec

我已经从 git 页面下载了该库，例如。 https://github.com/rdkit/rdkit/releases/tag/Release_2018_09_1，并尝试使用 pip 从那里安装。

sudo pip install rdkit-Release_2018_09_1b1.tar.gz

我收到以下错误：

正在处理 ./rdkit-Release_2018_09_1b1.tar.gz 命令 python setup.py egg_info的完整输出： 回溯(最近一次调用(： 文件 "，第 1 行，在 IOError： [Errno 2] 没有这样的文件或目录： '/tmp/pip-ohIcaj-build/setup.py'

---------------------------------------- Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-ohIcaj-build

我也尝试使用pip安装特定版本：

sudo pip install rdkit==2018.09.01

这给了：

正在收集 rdkit==2018.09.01 找不到满足 要求 rdkit==2018.09.01(来自版本：( 无匹配 找到 rdkit==2018.09.01 的发行版

有人可以告诉我该怎么做吗？

Answer 1

@paisanco是正确的，尝试使用 pip 安装 rdkit 将不起作用。安装 rdkit 的最简单方法是使用 Anaconda，除非你想从源代码构建。

如果你安装了 Anaconda，你可以创建一个 python 2.7 虚拟环境：

conda create --name test-env python=2.7

然后，您可以激活它：

conda activate test-env

然后安装您需要的 rdkit 版本：

conda install -c rdkit rdkit=2018.09.1

使用 Python：

import rdkit
print rdkit.__version__
[Out]: '2018.09.1'

Answer 2

使用 python 2.7.15 创建一个新的 conda 环境：

conda create -n py27_rdkit python=2.7.15 ipython

激活环境 (python2.7(

conda activate py27_rdkit

现在在py27_protac环境中，安装旧版本的rdkit，它不会抱怨python2.7：

conda install -c conda-forge rdkit rdkit=2018.09.1

上面答案中的 conda install 命令："conda install -c rdkit rdkit=2018.09.1"由于大量冲突而失败。

Answer 3

根据该站点，问题在于您下载的是一个包含该库源代码的tar存档，而不是pip包。

因此，尝试使用 pip 安装它是行不通的。

RDKit项目主页提供了其他选项，用于安装1(从Anaconda conda虚拟环境中2(从Windows，Linux和Mac的源代码(您下载的内容(中安装。

这些说明位于 RDKit 安装说明中

Answer 4

conda create -n my_env python=3.7
conda activate my_env
conda install numpy matplotlib 
conda install cmake cairo pillow eigen pkg-config
conda install boost-cpp boost py-boost

并下载 RDKIT 包 https://anaconda.org/rdkit/rdkit/files

# finally
conda install rdkit-2020.09.1b1.0-py37hd50e099_1.tar.bz2