我对Bash-shell脚本编写有很好的经验，现在我要学习Perl了。
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Perl5最好的IDE是什么？
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Perl6会杀死Perl5吗？或者Perl5会一直存在吗？
"最佳"当然是品味的问题。与其说是"最好的"，不如说是"如果我还没有对编辑器有强烈的偏好，我应该为Perl使用什么编辑器？"。
我现在推荐的是Atom。它是免费的、开源的，在大多数平台上都可以使用，维护良好，文档记录良好，易于使用，并且有丰富的插件生态系统。它适用于几乎任何语言，所以您不会被困在特定语言的IDE中。而且它足够强大而不臃肿。
我还建议您学习vi的基础知识。这是任何Unix机器上都可以使用的编辑器，当你不可避免地发现自己需要在Unix机器上编辑文件时，你需要使用它。它非常强大，但也非常令人困惑。
Atom已经使这个答案的其余部分过时了。
Padre是一个专门用于Perl的IDE，但它已经好几年没有发布了。
Emacs(及其所有变体)和vim(及其所有变种)仍然非常出色、强大，但对不习惯它们的人来说相当困惑。尽管如此，当你不可避免地发现自己需要在Unix机器上编辑文件时，你至少应该知道vim的基本知识。
对于Mac，有TextMate、Aquamacs(emacs的作用就像一个具有预期OS X热键和菜单的OS X应用程序)和TextWrangler。
在Windows Notepad++上，Sublime Text和E Text Editor(不再维护)是不错的选择。
至于Perl6，Perl5和Perl6是不同的语言，它们有自己的生命周期和开发周期。谁也不会杀谁
对于你的第一个问题，最适合你的就是最适合你。我意识到本身并不是一个答案，但有关功能的比较，请参阅此图表。
关于你的第二个问题，我对Perl6离发布有多近感到困惑(例如，请参阅本文)。我不知道我的任何客户使用Perl6，考虑到这一点和Perl5的现有文件，我会使用Perl5，而不必担心在不久的将来会被超越。
您可以检查Eclipse的EPIC插件。虽然远没有所有的功能，但您可以很容易地进行一些调试并使用Eclipse功能。
您可以安全地使用Perl5。Perl6是一种仍在开发中的新语言，其发布日期未知，所以您现在不应该关心它。