为什么向Pandas DataFrame添加列时会返回SettingWithCopy警告，而该列是对现有列的布尔测试

Question

我在现有的SettingWithCopy警告问题中找不到答案，因为常见的.loc解决方案似乎不适用。我正在将一个表加载到pandas中，然后尝试根据其他列中的值创建一些掩码列。由于某种原因，即使我将测试包装在pd.Series构造函数中，也会返回SettingWithCopy警告。

下面是相关代码。最后的输出似乎是正确的，但有人知道是什么导致了这一点吗?

all_invs = pd.read_table('all_quads.inv.bed', index_col=False,
                         header=None, names=clustered_names)
invs = all_invs[all_invs['uniqueIDs'].str.contains('p1')]
samples = [line.strip() for line in open('success_samples.list')]
for sample in samples:
    invs[sample] = invs['uniqueIDs'].str.contains(sample)

在另一个布尔测试中也会发生。

invs["%s_private_denovo" % proband] = pd.Series(
    invs[proband] & ~invs[father] & ~invs[mother] &
    invs["%s_private" % proband])

谢谢!

Answer 1

我猜invs引起了警告。要解决这个问题，像这样显式地复制它:

invs = all_invs[all_invs['uniqueIDs'].str.contains('p1')].copy()

Answer 2

这是这个帖子的选择答案的副本。

出现此警告是因为您的数据框x是切片的副本。这并不容易知道为什么，但它与你是如何达到目前的状态有关。

你可以通过

从x中创建一个合适的数据框架

x = x.copy()

这将删除警告，但是这不是正确的方法!

您应该使用DataFrame.loc方法，如警告所示，如下所示:

x.loc[:,'Mass32s'] = pandas.rolling_mean(x.Mass32, 5).shift(-2)