pixFRET -运行插件的时间推移图像//循环

Question

我最近才开始使用ImageJ(因此没有太多的宏编程经验)来分析我的显微镜图片。为了生成逐像素的FRET图像，校正光谱溢出，我使用插件:pixFRET。这个插件需要一堆3个图像来工作:FRET，供体，接受者。到目前为止，我必须自己打开每张图片，这对于大时间堆栈(> 1000张图片)来说真的很不方便。我正在寻找一种方法来循环插件或创建某种宏来做到这一点。

我的数据结构的简短描述:工作文件夹filename_t001c1(通道1图像-时间点001的供体)，filename_t001c2(通道2图像-时间点001的FRET)，．．．T001c3(可以忽略)．．．t001c4(通道4图像-时间点001的接受者)。

我必须在每个时间点创建一个C2/C1/C4堆栈，由pixFRET自动分析(设置参数)，结果应该保存在输出文件夹中。

我非常感谢每一个建议，因为我最大的问题是整个堆栈生成/pixFRET分析的循环(现在只能做这个手册)。

谢谢大卫。

Answer 1

我没有找到直接包含来自pixFRET插件的参数和命令的方法。但是，这里我展示了一个使用IJ_Robot添加这些命令的方法。我进一步添加了一些东西来执行基于时间序列的第一张图像的相机通道对齐。

   // Macro for creating time resolved pixFRET images with a alignment of both cameras used
// a separate setting file is required for pixFRET -> put this into the same folder as the pixFRET plugin
// the background region has to be set manually in this macro
// IJ_robot uses cursor movements - DO NOT move the cursor while excuting the macro + adjust IJ_robot coordinates when changing the resolution/system.


dir = getDirectory("Select Directory");
list = getFileList(dir);
//single alignment
 run("Image Sequence...", "open=[dir] number=2 starting=1 increment=1 scale=100 file=[] or=[] sort");
rename(File.getName(dir));
WindowTitle=getTitle()
rename(WindowTitle+toString(" Main"))
MainWindow=getTitle()
NSlices=getSliceNumber()
xValue=getWidth()/2
yValue=getHeight()/2
//setTool("rectangle");
makeRectangle(0, 0, xValue, yValue);
run("Align slices in stack...", "method=5 windowsizex="+toString(xValue*2-20)+" windowsizey="+toString(yValue*2-20)+" x0=10 y0=10 swindow=0 ref.slice=1 show=true");
selectWindow("Results");
XShift=getResult("dX", 0);
YShift=getResult("dY", 0);

File.makeDirectory(toString(File.getParent(dir))+toString("\")+"test"+" FRET");
for(i=0;i<list.length;i+=4){
open(dir+list[i+1]);
run("Translate...", "x=XShift y=YShift interpolation=None stack");
open(dir+list[i]);

open(dir+list[i+3]);
run("Translate...", "x=XShift y=YShift interpolation=None stack");
wait(1000);
run("Images to Stack", "name=Stack title=[] use");
selectWindow("Stack");
makeRectangle(15, 147, 82, 75); //background region
run("PixFRET...");
run("IJ Robot", "order=Left_Click x_point=886 y_point=321 delay=500 keypress=[]");
run("IJ Robot", "order=Left_Click x_point=874 y_point=557 delay=500 keypress=[]");
selectWindow("NFRET (x100) of Stack");
save(toString(File.getParent(dir))+toString("\")+"test"+" FRET"+toString(i) +".tif");
selectWindow("Stack");
close();
selectWindow("FRET of Stack");
close();
selectWindow("NFRET (x100) of Stack");
close();
run("IJ Robot", "order=Left_Click x_point=941 y_point=57 delay=300 keypress=[]");
}

谢谢你的帮助，如果你能想到一种方法直接调用这些pixFRET命令，而不是使用Ij_robot，请告诉我。

Answer 2

以斐济(只是ImageJ)的本教程为起点，并使用宏记录器(Plugins> Macros> Record…)来获取必要的命令。

你的宏代码可能看起来像这样:

function pixfret(path, commonfilename) {
    open(path + commonfilename + "c2");
    open(path + commonfilename + "c1");
    open(path + commonfilename + "c4");
    run("Images to Stack", "name=Stack title=[] use");
    run("PixFRET"); // please adjust this to your needs
}
setBatchMode(true); 
n_timepoints = 999;
dir = "/path/to/your/images/";
for (i = 0; i < n_timepoints; i++)
    pixfret(dir, "filename_t" + IJ.pad(i, 4));
setBatchMode(false);

希望对你有帮助。