R-开发：安装马格里特时"object 'checkCompilerOptions' not found"

Question

我已经按照本指南在Ubuntu上安装了R-devel。当尝试用install.packages("magrittr")安装 magrittr 时，我得到这个：

* installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/magrittr’
The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpagwvBj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("magrittr") :
  installation of package ‘magrittr’ had non-zero exit status

另一个涉及此错误的堆栈溢出问题对我没有帮助。谁能帮忙？

我真正想做的是安装 Gviz 软件包的最新开发版本。为了做到这一点，我必须使用生物导体和R的开发版本。

我的会话信息（）：

R Under development (unstable) (2016-02-18 r70185)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 15.10
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=nb_NO.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=nb_NO.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=nb_NO.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.0 tcltk_3.3.0

Answer 1

我在安装raster软件包时遇到了同样的问题。我在这里发现问题在于您提到的指南的第二个脚本导出的库目录之间的冲突：

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

所以我删除了与我的 R-devel 实例无关的库文件夹：

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

它终于奏效了。

Answer 2

我能够安装Gviz！这就是让我到达那里的原因：

1. 我尝试使用devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz")来安装Gviz，而不是使用biocLite("Gviz")。这给我带来了checkCompilerOptions错误，但现在有了包矩阵统计。
2. 我使用 devtools::install_github("HenrikBengtsson/matrixStats") 安装了 matrixStats。这奏效了。
3. 此时，我尝试再次安装magrittr，使用install.packages("magrittr")。它以某种方式起作用了！
4. 我现在可以安装带有devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz")的 Gviz

我仍然不知道checkCompilerOptions错误，并希望有任何想法。