'lib = "/usr/lib/R/library"' 在安装 R Bioconductor 软件包时不可写



大家好!我正在尝试安装生物导体包"cummeRbund",但总是失败。我试过了启用BiocInstaller的biocLite("cummeRbund")命令、指定库地址的install.packages("cummeRbund")及其变体。结果总是

"Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable"

r一直让我使用个人目录。我应该怎么做才能解决这个烦人的问题("cummeRbund"并不是唯一一个安装失败的软件包)?

我的眼镜。:Ubuntu 14.04 LTS 64位,R版本3.2.2(2015-08-14)--"消防安全",Bioconductor版本3.2(BioInstaller 1.20.0)

R的默认库路径对于当前用户来说是只读的,这是正常的。这通常意味着R是由不同的用户(最常见的是系统管理员)安装的。这本身不是问题。——只需将R配置为使用不同的库路径。

为此,请设置R_LIBS_USER环境变量。要在shell会话中保留该值,请在~/.profile或类似文件中设置该值。

export R_LIBS_USER=/path/to/your/r-library

另一个答案中对此解决方案进行了详细描述。

另一种解决方案是分别为每个用户安装软件。这在非共享系统上尤其有意义。一些软件包管理器支持为本地用户安装软件,而没有超级用户权限。


我在另一个操作系统上安装了R版本3.3.0:没有`cummeRbund´´安装问题。

使用$ svn co https://svn.r-project.org/R/trunk/获得"3.3.0"(版本69583)。


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