如何将样本ID复制到标题结束

Question

我有一个带有看起来像...

的标头的快速文件

>DNA1111_0
>DNA2987_1
>DNA3674_5

我如何使用SED修改标头，使它们看起来像...

>DNA1111_0;sample=DNA1111
>DNA2987_1;sample=DNA2987
>DNA3674_5;sample=DNA3674

我无法获得正确的修改，谢谢。

Answer 1

with gnu sed：

sed -E 's/^>(.*)(_.*)$/>12;sample=1/' file

输出：

> DNA1111_0;样品= DNA1111> DNA2987_1;样品= DNA2987> DNA3674_5;样品= DNA3674

Answer 2

使用任何支持-E的SED（例如GNU和OSX SEDS）：

$ sed -E 's/([^>_]+).*/&;sample=1/' file
>DNA1111_0;sample=DNA1111
>DNA2987_1;sample=DNA2987
>DNA3674_5;sample=DNA3674