正在查找OpenMP+MPI应用程序的资源

Question

我目前正在使用c++开发一个混合程序。我同时使用openMP和MPI。然而，我不知道如何为我的工作指定处理器和线程的数量。假设我想使用5个节点，每个节点上需要一个MPI处理器，每个节点需要24个线程。

这就是我现在提交my_job的方式：

qsub -l select=5:ncpus=24:mpiprocs=5 -l place=scatter:exclhost my_job

在my_job脚本上，我正在执行

#PBS -l select=5:ncpus=24:mpiprocs=5
export OMP_NUM_THREADS=24
mpic++ -O3 myprogram.cpp -o out -fopenmp -lquadmath -std=gnu++11
mpirun -n 5 ./out

然而，性能非常慢，这让我觉得我如何定位资源可能有问题。

有什么建议吗？

Answer 1

Perhttps://www2.cisl.ucar.edu/resources/computational-systems/cheyenne/running-jobs/pbs-pro-job-script-examples那就是

#PBS -l select=5:ncpus=24:mpiprocs=1:ompthreads=24

Answer 2

感谢Gilles，我在运行作业时也忘记指定每个节点的处理器数量：

mpirun -n 5 -ppn 1 ./out

此外，我在my_job脚本中添加了这一行：

export IPATH_NO_CPUAFFINITY=1 // - tells the underlying software not to pin each process to one CPU core, which would effectively disable OpenMP parallelism.

这两种解决方案都"大大"提高了性能。