生物信息学代码:我有这个代码，我希望输入是两个字符串:文本和模式，输出是一个数字

Question

def PatternCount(Text,Pattern):
count = 0
for i in range(0,len(Text)-len(Pattern)):
if Text[i:len(Pattern)] == Pattern:
count = count + 1
return count
Text = input("enter DNA string")
Pattern = input("enter 1st Pattern")

这是我的密码。

• 输入：字符串文本和模式
• 输出：计数(文本、图案(

例如：

• 样本输入：
  • 文本：GCGCG
  • 图案：GCG
• 样本输出：
  • 2

Answer 1

Text[i:len(Pattern)]中的第二个数字不是长度，而是最终位置。您需要将i添加到其中。

此外，要找到最终匹配，您需要再迭代一个循环。

def PatternCount(Text,Pattern):
count = 0
for i in range(0, 1 + len(Text) - len(Pattern)):
if Text[i:i + len(Pattern)] == Pattern:
count = count + 1
return count
Text = input("enter DNA string ")
Pattern = input("enter 1st Pattern ")
print(PatternCount(Text,Pattern))

Answer 2

除了choroba所示的校正函数外，您还可以使用finditer-

import re
print(len(list(re.finditer("(?=%s)" % Pattern, Text))))

-或者具有相同零宽度先行模式的CCD_ 4。