创建具有周期性边界的 3D 晶格 - 创建 (x，y，z) 的每个组合

Question

我正在尝试创建一个程序，将直径为d的相同非重叠粒子放入具有周期性边界条件的立方体（3d）晶格中。

真正这意味着我需要一个程序来创建一个 XYZ 文件，该文件将如下所示，但将经历每个组合：

H 0.0000000.0000005.000000
H 0.0000000.0000006.000000
H 0.0000000.0000007.000000
H 0.0000000.0000008.000000
H 0.0000000.0000009.000000

现在出于某种原因，我下面的代码保持我的 z 值为 0，而不是通过这些值来创建其他组合......相反，它只通过 x 和 y。

#create a file and enter first two lines
text_file=open("question1.xyz","w")
text_file.write("n")
text_file.write("comment goes heren")
L=10
d=1
#first particle or line will be at 0,0,0, counter used to count how many lines
x,y,z = 0,0,0
counter=0
#placing the particles
while x<=L-d:
    while y<=L-d:
        while z<=L-d:
            text_file.write('H ')
            text_file.write('%f'%x)
            text_file.write('%f'%y)
            text_file.write('%fn'%z)
            counter=counter+1
            z=z+d
        z=0
        y=y+d
    z,y=0,0
    x=x+d
text_file.close()
with open("question1.xyz") as infile:
    with open("outputfile.xyz","w") as outfile:
        for i,line in enumerate(infile):
            if i==0:
                outfile.write('%fn'%counter)
            else:
                outfile.write(line)

关于为什么会发生这种情况的任何想法？我的while陈述有点混乱，但我不确定该怎么做

Answer 1

有一个更简单的方法。使用 itertools.product：

import itertools
L = 3
d = 1
counter = 0
with open("question1.xyz","w") as text_file:
    text_file.write("ncomment goes heren")
    for x,y,z in itertools.product(range(L),repeat = 3):
        text_file.write('H %f %f %fn' % (x, y, z))
        counter=counter+1