神经元模型

Question

我已经下载了Allen神经元模型:Nr5a1-Cre VISp层2/3 473862496

安装Anaconda和所有需要的包，有神经元:https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

现在我如何使用allensdk包通过NEURON运行他们的模型，

他们有一种解释:http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

但是我到底在哪里写这段代码呢?Python吗?蟒蛇promt吗?蜘蛛?

不是python不是Anaconda接受代码，所以我想我需要先访问allensdk包，我该怎么做?

谢谢。

Answer 1

谢谢你的问题。文档链接中的第一个示例显示了如何下载模型，您可能已经这样做了。为此，我编写了一个python脚本，并在命令提示符下运行它。

脚本如下所示:

from allensdk.api.queries.biophysical_api import BiophysicalApi
bp = BiophysicalApi() 
bp.cache_stimulus = True # change to False to not download the large stimulus NWB file
neuronal_model_id = 473862496    # here's your model
bp.cache_data(neuronal_model_id, working_directory='neuronal_model')

您可以从命令提示符(Anaconda命令提示符就可以)运行如下命令:

$ python <your_script_name.py>

向下移动文档，运行模型的下一步是在命令提示符上运行以下命令:

$ cd neuronal_model
$ nrnivmodl ./modfiles   # compile the model (only needs to be done once)
$ python -m allensdk.model.biophysical.runner manifest.json

首先进入第一个脚本中指定的工作目录。

接下来运行一个NEURON二进制文件(nrnivmodl)，它会编译你的modfiles。你需要在你的PATH上安装带有python绑定的NEURON来运行它。我不确定这一点，但我认为在Windows中编译modfiles需要不同的命令/工作流程。如果这是你的操作系统，我将不得不在这里介绍你，因为我对Windows上的NEURON不太熟悉:

https://www.neuron.yale.edu/neuron/static/docs/nmodl/mswin.html

接下来，您将调用与allensdk一起打包的脚本，用于运行基于我们在第一个脚本(manifest.json)中下载的文件之一的模型。