从 HPC 群集上的八度字节调用 R 脚本时出错

Question

我有一个octave脚本，它调用R脚本在 HPC 集群上进行一些计算。计算过程如下：

1. 在群集上提交作业以获取分配的计算节点，然后将计算分发到该节点中的每个 CPU。外壳脚本的一部分如下所示

   count=0
   HOSTLIST=
   for host in `cat $PBS_NODEFILE`
     do
       HOSTLIST[$count]=$host
       count=$(($count+1))
   done
   ...
   ...
   ...
   mkdir case_$count
   cd case_$count
   export workdir=`pwd`
   remotehost=${HOSTLIST[$pcount]}
   ssh -n $remotehost "cd $workdir; export PATH=$PATH:$workdir; octave $MFILE > /dev/null" &
   

2. 为简单起见，示例$MFILE内容为

   printf("Calling R script from Octave n");
   system('./hello_world.R');
   

3. hello_world.R

   #!/usr/bin/Rscript
   print("Hello World!")
   

4. 运行时遇到错误

   sh: ./hellow_world.R: /usr/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or directory
   

5. 我的一些环境变量(以防万一(

   $ echo $PATH
   /usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/cuda/bin:/opt/ganglia/bin:/opt/ganglia/sbin:/usr/java/latest/bin:/opt/maven/bin:/opt/maui/bin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/opt/pvfs2/bin:/opt/rocks/bin:/opt/rocks/sbin
   $ which Rscript 
   /usr/bin/Rscript
   $ which R
   /usr/bin/R
   

如果我从命令行运行$MFILE，它工作正常并且可以很好地打印所需的输出。我尝试了许多可以在网上找到的解决方案，但无济于事

有人知道出了什么问题吗？感谢您的任何建议！

Answer 1

问题是 R 已加载到登录节点上，但未加载到计算节点上。因此，在作业提交脚本中，在执行任何计算之前，必须有一行要加载R。例如：

    module load r/3.4.3

在此处和此处查看更多信息