c-编写VTK ASCII旧文件，在VisIt中绘制轮廓

Question

我正试图用C写入一个要读取到VisIt中的旧版.vtk文件。不幸的是，我安装的VisIt程序拒绝呈现我正在写入的VTK文件，读取的是："本地主机失败"

以下是用于从一个文件中读取数据并将其转换为传统VTK文件的代码。我使用宏XPIX、YPIX和ZPIX来描述像素网格的尺寸。每个像素都包含一个标量密度值。我已经使用行主排序在"网格文件"中列出了像素：即

int list_index(x,y,z) = YPIX * ZPIX * x + ZPIX * y + z;

该像素列表中的每个条目都被读取到一个名为grid[]的double类型的数组中，并被写入传统VTK头数据下的outfile：

/*Write vtk header */                                                           
fprintf(outfile,"# vtk DataFile Version 3.0n");                                
fprintf(outfile,"Galaxy density gridnASCIInDATASET STRUCTURED_POINTSn");     
fprintf(outfile,"DIMENSIONS %d %d %d n", (XPIX+1), (YPIX+1), (ZPIX+1));        
fprintf(outfile,"ORIGIN 0 0 0n");                                              
fprintf(outfile,"SPACING 1 1 1n");//or ASPECT_RATIO                            
fprintf(outfile,"CELL_DATA %dn", totalpix);                                    
fprintf(outfile,"SCALARS cell_density float 1n");                              
fprintf(outfile, "LOOKUP_TABLE defaultn");                                     
/*Create Memory Space to store Pixel Grid*/                                     
double *grid;                                                                   
grid = malloc(XPIX * YPIX * ZPIX * sizeof(double));                             
if (grid == NULL ){                                                             
  fprintf(stderr, "Pixel grid of type double failed to initializen");          
  exit(EXIT_FAILURE);                                                           
}                                                                               
fprintf(stderr,"Pixel grid has been initialized.n Now reading infilen");      
/*Read infile contents into double grid[], using Row-Major Indexing*/           
double rho;                                                                     
char newline;                                                                   
int i, j, k;                                                                    
for(i = 0; i < XPIX; i++){                                                      
  for(j = 0; j < YPIX; j++){                                                    
    for(k = 0; k < ZPIX; k++){                                                  
      fscanf(infile, "%lf", &rho);                                              
      grid[getindex(i,j,k)] = rho;                                              
    }                                                                           
  }                                                                             
  fprintf(stderr,"%dn", i);                                                    
}                                                                               
fprintf(stderr,"Finished readingn");                                           
#if !DEBUG                                                                      
/*Write out grid contents in Row major order*/                                  
fprintf(stderr,"Now writing vtk file");                                         
for(i = 0; i < XPIX; i++){                                                      
  for(j = 0; j < YPIX; j++){                                                    
    for(k = 0; k < ZPIX; k++){                                                  
      fprintf(outfile, "%lf ", grid[getindex(i,j,k)]);                          
    }                                                                           
    fprintf(outfile,"n");                                                      
  }                                                                             
}                                                                               
fprintf(stderr,"Finished Writing to outfilen");                                
#endif  

通过这个例程运行网格数据列表之后，我在lookup_table中有XPIX*YPIX行，每行都有ZPIX个条目。这是不正确的格式吗？VisIt在读取输入文件时仍然失败。我知道structured_points可能使用列主索引，但我的第一个目标当然是从VisIt获得某种结果。我想最终使用标量cell_density绘制一个轮廓。我的数据集是不是太大了？

Answer 1

您看到vtk数据格式错误问题的公认答案了吗？问题是用C++调试VTK编写器，但它与您的代码非常相似（当然应该会产生相同的结果）。

公认答案的关键点是，数据是按列主顺序编写的，而不是按行主顺序编写的（您似乎在问题中暗示了这一点："我知道structured_points可能使用列主索引"）。

此外，将您的代码与您知道有效的代码进行比较总是很有帮助的（如果可以的话）。例如，VisIt提供了一个小型C库，用于编写称为VisItWriterLib的传统VTK文件格式。比较代码和VisItWriterLib的输出，查看数据文件的不同之处。我建议您在VTK IO中使用VisItWriterLib，而不是编写自己的例程——无需重新发明轮子。

编辑：回答其他几个问题：

在通过这个例程运行网格数据列表之后，我已经lookup_table中的XPIX*YPIX行，每个行都有ZPIX条目。这是吗格式不正确？

这不是正确的格式。LOOKUP_TABLE应该是XPIX*YPIX*ZPIX行的列表，每行一个元素（或者，VisIt将接受一行XPIX*YPIX*ZPIX元素）。请参阅VTK文件格式文档（www.VTK.org/VTK/img/File-Formats.pdf）中的数据集属性格式部分。

我的数据集是不是太大了？

我对此表示怀疑。VisIt旨在处理巨大的数据集，并且，AFAIK，可以渲染PB级的数据集。如果你的数据这么大，我会非常惊讶。

但是，如果您担心有大文件，可以将数据拆分为多个文件，并告诉VisIt并行读取这些文件。要做到这一点，请将数据写入单独的文件中，例如domain1.vtk、domain2.vtk。。。domainN.vtk等。然后写一个.visit主文件，该文件具有结构

!NBLOCKS N
domain1.vtk
domain2.vtk
...
domainN.vtk

例如，将其另存为mydata.visit，然后在VisIt中打开此.visit文件，而不是.vtk文件。