我正在尝试使用OpenSMILES规范解析SMILES字符串。
语法:
grammar SMILES;
atom: bracket_atom | aliphatic_organic | aromatic_organic | '*';
aliphatic_organic: 'B' | 'C' | 'N' | 'O' | 'S' | 'P' | 'F' | 'Cl' | 'Br' | 'I';
aromatic_organic: 'b' | 'c' | 'n' | 'o' | 's' | 'p';
bracket_atom: '[' isotope? symbol chiral? hcount? charge? atom_class? ']';
symbol: element_symbols | aromatic_symbols | '*';
isotope: NUMBER;
element_symbols: UPPER_CASE_CHAR LOWER_CASE_CHAR?;
aromatic_symbols: 'c' | 'n' | 'o' | 'p' | 's' | 'se' | 'as';
chiral: '@'
| '@@'
| '@TH1' | '@TH2'
| '@AL1' | '@AL2'
| '@SP1' | '@SP2' | '@SP3'
| '@TB1' | '@TB2' | '@TB3' | DOT DOT DOT | '@TB29' | '@TB30'
| '@OH1' | '@OH2' | '@OH3' | DOT DOT DOT | '@OH29' | '@OH30';
hcount: 'H' | 'H' DIGIT;
charge: '-'
| '-' DIGIT
| '+'
| '+' DIGIT
| '--'
| '++';
atom_class:':' NUMBER;
bond: '-' | '=' | '#' | '$' | ':' | '/' | '\';
ringbond: (bond? DIGIT | bond? '%' DIGIT DIGIT);
branched_atom: atom ringbond* branch*?;
branch: '(' chain ')' | '(' bond chain ')' | '(' dot chain ')';
chain: branched_atom
| chain branched_atom
| chain bond branched_atom
| chain dot branched_atom;
dot: '.';
DOT: .;
DIGIT: [0-9];
NUMBER: DIGIT+;
UPPER_CASE_CHAR: [A-Z];
LOWER_CASE_CHAR: [a-z];
ONE_TO_NINE: [1-9];
smiles: chain;
WS: [ tnr]+ -> skip ;
当尝试使用AntlrWorks2的TestRig解析以下内容时:
CCc(c1)ccc2[n+]1ccc3c2Nc4c3cccc4
打印以下错误(为简洁起见,缩写):
line 1:5 extraneous input '1' expecting {'*', '[', 'N', 'O', 'I', 'S', '%', ')',..., DIGIT}
...
line 1:31 extraneous input '4' expecting {<EOF>, '*', '[', 'N', 'O',..., DIGIT}
字符串中遇到的每个数字都会发生这种情况。
编辑1
根据@Lucas Trzesniewski的建议,在修复了DOT
规则后,extraneous input
错误已经消失。但是,现在在测试不同的SMILES字符串时出现了一个新错误。
例如,测试:
[Cu+2].[O-]S(=O)(=O)[O-]
产生错误:
line 1:1 no viable alternative at input 'C'
编辑2
EDIT 1中的问题是由于我的element_symbols
规则造成的。使用文字符号字符串似乎已经解决了这个问题
element_symbols: 'H' | 'He' | 'Li' | 'Be' | 'B' | 'C' | 'N' | 'O' | 'F' | 'Ne' | //...and so on
您的lexer规则是错误的。
第一个错误:
DOT: .;
这是一个包罗万象的问题。你真正的意思是:
DOT: '.';
第二个错误:您对以下规则感到困惑:
DIGIT: [0-9];
NUMBER: DIGIT+;
ONE_TO_NINE: [1-9];
ONE_TO_NINE
永远不会匹配任何内容,因为它包含在DIGIT
中,而DIGIT
首先出现。由于ONE_TO_NINE
规则从未使用过,因此您应该简单地将其删除
然后,解析器规则中的DIGIT DIGIT
之类的东西也不匹配。如果你期望一个2位数的数字,除非你用空格分隔数字,否则你会在那里得到一个NUMBER
标记(我不知道你在那里的真正意思,所以也许这不是错误)。