Python Ete3-是否有一种方法可以拉伸系统发育树的分支

Question

我正在尝试阅读系统发育树，并将其分支拉伸到比原始的大或小，但我没有找到方法。拉伸需要在树本身上 - 不在其可视化上。

例如，以下代码读取一棵树并提出：

from ete3 import Tree
t = Tree("(2azaa:0.1871453443,1dz0a:0.1944528747,   (((1joi:0.1917345578,1nwpa:0.206793251):0.2050584423,"
     "(1jzga:0.3027313573,1rkra:0.2710518895):0.08148637118):0.06756061176,(1cuoa:0.2959705289,"
     "((1qhqa:0.585997308,1gy1a:2.509606787):0.1590837051,(1kdj:0.9427371887,"
     "((1iuz:0.1918780006,7pcy:0.2035503755):0.1750205426,((2plt:0.2727097306,(2b3ia:0.6259053315,"
     "(((1bawa:0.3036227494,1nin:0.5134587308):0.1375675558,((2raca:0.4617882857,1id2a:0.3274320042):0.7764884063,"
     "(1pmy:0.7017063073,(1bqk:0.2214168026,(1adwa:0.4171298259,1paz:0.4214910379):0.08599165577):0.2074622534):0.9354371144):0.4486761297)"
     ":0.1105387947,(1m9wa:0.4551681561,1bxva:0.3931722476):0.06879588421):0.1131812572):0.4242876607):0.1447393581,"
     "(1plb:0.2176281022,(1byoa:0.2314554253,(9pcy:0.2456728049,(1ag6:0.1776514893,1plc:0.318467746):0.02728470893)"
     ":0.07383541027):0.1260361833):0.2659408726):0.05013755844):0.2637791318):1.001560925):1.018869112):0.4609302267):0.1807238866);")
t.show()

以下链接讨论了如何使用库，但是我没有找到我要寻找的东西：

http://etetoolkit.org/docs/latest/tutorial/tutorial_trees.html

有人可以帮忙吗？

编辑：如果还有其他Python库可以做到这一点，我很想听听它的完成方式。

edit2：我知道在r中有一个名为" ape"的库，然后可以非常简单地做……也许与之合作的人知道某个python库中的平行操作吗？

Answer 1

很长一段时间后，我找到了一个解决方案：据我所知，没有内置的功能可以在系统性Python库中伸展树木。这很奇怪，我希望我错了。

但是，一旦您了解了它们的数据结构，就可以简单地做到这一点：您需要做的就是仅在树上的所有边缘运行，然后将它们乘以所需的因素。这是不同的，具体取决于您使用的库。这是两个示例如何使用树状和Ete3：

将树木两倍的尺寸拉伸两倍。

from ete3 import Tree
import dendropy as dp
original_tree = "(2azaa:0.1871453443,1dz0a:0.1944528747,(((1joi:0.1917345578,1nwpa:0.206793251):0.2050584423,"
     "(1jzga:0.3027313573,1rkra:0.2710518895):0.08148637118):0.06756061176,(1cuoa:0.2959705289,"
     "((1qhqa:0.585997308,1gy1a:2.509606787):0.1590837051,(1kdj:0.9427371887,"
     "((1iuz:0.1918780006,7pcy:0.2035503755):0.1750205426,((2plt:0.2727097306,(2b3ia:0.6259053315,"
     "(((1bawa:0.3036227494,1nin:0.5134587308):0.1375675558,((2raca:0.4617882857,1id2a:0.3274320042):0.7764884063,"
     "(1pmy:0.7017063073,(1bqk:0.2214168026,(1adwa:0.4171298259,1paz:0.4214910379):0.08599165577):0.2074622534):0.9354371144):0.4486761297)"
     ":0.1105387947,(1m9wa:0.4551681561,1bxva:0.3931722476):0.06879588421):0.1131812572):0.4242876607):0.1447393581,"
     "(1plb:0.2176281022,(1byoa:0.2314554253,(9pcy:0.2456728049,(1ag6:0.1776514893,1plc:0.318467746):0.02728470893)"
     ":0.07383541027):0.1260361833):0.2659408726):0.05013755844):0.2637791318):1.001560925):1.018869112):0.4609302267):0.1807238866);"
#dendropy test
print("These are the dendropy results:")
t1 = dp.Tree.get_from_string(original_tree,"newick")
t2 = dp.Tree.get_from_string(original_tree,"newick")
for edge in t2.levelorder_edge_iter():
    if(edge.length == None):
        continue
    edge.length *=2
print(t1)
print(t2)
#ete3 test
print("These are the ete3 results:")
t3 = Tree(original_tree)
t4 = Tree(original_tree)
for node in t4.iter_descendants():
    node.dist*=2
print(t3.write())
print(t4.write())

我们可以从这种情况下学习的另一堂课 - 在搜索内置功能之前，请务必对与您合作的数据结构进行作业...

Answer 2

到目前为止，我还没有找到一种方法...

我制作了一个简单的代码，该代码在代表树的字符串上运行，找到数字(即早午餐长度(，然后乘以2。这是一个补丁，而不是真正的解决方案……仍然希望有人会有一个想法。

for c in original_tree:
if is_number(c) or c=='.':
    number+=c
else:
    if len(number)<5:
        stretched_tree+=number
        number=""
    elif number!="":
        stretched_tree+=str(float(number)*2)
        number = ""
    stretched_tree+=c