我有一个看起来像这样的 pdb：
ATOM 1 P A 2 1 224.160 179.728 151.662 1.00 40.00 P
ATOM 2 OP1 A 2 1 225.507 179.132 151.738 1.00 40.00 O
ATOM 3 CA A 2 1 223.640 180.497 152.816 1.00 40.00 O
ATOM 4 O5' A 2 1 224.374 180.738 150.465 1.00 40.00 O
如果一行包含atom CA，我想将第11列更改为1.0000，并将这些更改保存在同一个文件中。
如何使用 sed、awk 或 bash 来做到这一点，以便我在列之间保持相同的间距？ 谢谢
sed -E '/ CA /s/[^ ]+/1.000/11' file
(GNU sed，假设空格而不是制表符(
这使用替换后的11来替换第 11 个单词。 更换仅在与/ CA /匹配的线路上进行
+需要-E才能按预期工作。
您可能希望根据您的确切要求定制空格或替换字符串。 由于它只影响第 11 列，因此您可以做任何您想做的事情。
以下sed命令将起作用：
sed '/ CA /s/([^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +)....../11.0000/'
或：
sed -E '/ CA /s/([^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +)....../11.0000/'
或(带 bash(：
X="[^ ]+ +"; sed -E "/ CA /s/($X$X$X$X$X$X$X$X$X$X)....../11.0000/"
或：
X="[^ ]+ +"; sed "/ CA /s/($X$X$X$X$X$X$X$X$X$X)....../11.0000/"
给：
ATOM 1 P A 2 1 224.160 179.728 151.662 1.00 40.00 P
ATOM 2 OP1 A 2 1 225.507 179.132 151.738 1.00 40.00 O
ATOM 3 CA A 2 1 223.640 180.497 152.816 1.00 1.0000 O
ATOM 4 O5' A 2 1 224.374 180.738 150.465 1.00 40.00 O
解释：
/ CA /如果一行包含标记"CA"，则s/($X$X$X$X$X$X$X$X$X$X)....../将第 11 列的前十列和前六个字符替换为11.0000/十列中已有的内容，并在第 11 列中按"1.0000"列出。
改进：
- 这假设"CA"不在第一列的开头;这可以使用
/<CA>/修复。 - 如果有制表符，请将上面的空格替换为
[[:space]]。 - 如果现有第 11 列具有六个以上的非空字符，则上述操作将失败。如果您事先知道它最多有八个字符，请在
......中添加两个额外的点，并在"1.0000"之后添加两个空格。 否则，您可以先通过运行以下命令将第 11 列减少为单个非空白字符：
X="[^ ]+ +"; sed "/ CA /{:a;s/($X$X$X$X$X$X$X$X$X$X)([^ ]+)[^ ] /12 /;ta}"
Awk将完成这项工作。
awk '$1 == "ATOM" && $3 == "CA" { $11 = 1.0 } { print }' <infile > outfile
谷歌awk了解更多信息，因为这是一个值得学习的基本工具
假设列的宽度固定，如下面的注释所示，可以修改 awk 脚本以指定字段宽度。需要检查这些值，因为问题不清楚确切的宽度。
awk -v 'FIELDWIDTHS=4 8 6 4 1 6 9 9 9 6 5 12' '
$1 == "ATOM" && $3 == "CA" { $11 = 1.0 }
{ print }
'
如果您知道第 11 列始终为 16 个字符宽，则执行以下sed命令：
sed '/ CA /s/[^ ]+ +/1.0000 /11'
将给予：
ATOM 1 P A 2 1 224.160 179.728 151.662 1.00 40.00 P
ATOM 2 OP1 A 2 1 225.507 179.132 151.738 1.00 40.00 O
ATOM 3 CA A 2 1 223.640 180.497 152.816 1.00 1.0000 O
ATOM 4 O5' A 2 1 224.374 180.738 150.465 1.00 40.00 O
说明：在带有标记CA的行上，这将用1.0000后跟 10 个空格替换第 11 列。
对于某些版本的sed，您可能需要将+替换为{1,}，如下所示：
sed '/ CA /s/[^ ]{1,} {1,}/1.0000 /11'
或者，如果您知道第 11 列始终从第 62 个字符开始，宽度为 16 个字符，则以下内容也可以使用：
sed -i '/ CA /s/(.{61}).{16}/11.0000 /' filename
解释：
- 在带有令牌"CA"的行上，
/ CA / - 用
(.{61})捕获前 61 个字符，并保留它们1 - 并将接下来的 16 个字符
.{16}替换为1.0000后跟 10 个空格。 -i开关就地修改文件。