Neo4j数据库添加关系非常慢

Question

我有一个有7340个节点的Neo4j数据库。每个节点都有一个标签（肿瘤）和 2 个属性（概念 ID 和完全指定名称）。在这两个属性上都启用了自动索引，我已经在 tumor：conceptID 和 neoplasm：fullSpecified Name 上创建了一个模式索引。节点是术语树中的概念。有一个根节点，其他节点通常通过多条路径下降到多达 13 个级别的深度。从 SQL Server 实现中，层次结构如下所示...

Depth Relationship Count
0     1
1     37
2     360
3     1598
4     3825
5     6406
6     7967
7     7047
8     4687
9     2271
10    825
11    258
12    77
13    3

我正在使用 C# 程序和 neo4jclient 添加关系，它构建并执行像这样的密码查询......

MATCH (child:neoplasm), (parent:neoplasm)
WHERE child.conceptID = "448257000"   AND parent.conceptID="372095001"   
CREATE child-[:ISA]->parent

将关系添加到第 3 级非常快，第 4 级本身也不错，但在第 5 级，事情开始变得非常慢，平均每段关系超过 9 秒。

上面的示例查询是通过 http://localhost:7474/browser/ 接口执行的，耗时 12917 毫秒，因此执行时间差不是 C# 代码和 neo4jclient API 的功能。

我认为图形数据库应该快得令人眼花缭乱，并且性能与大小无关。

到目前为止，我只添加了 9033 个关系中的 35362 个。即使速度不会随着关系数量的增加而进一步降低，添加剩余的也需要三天以上！

谁能说出为什么这种表现如此糟糕？还是这种性质的写入性能正常，只是读取性能才如此出色。返回 5 级节点父级的示例 Cypher 查询返回 23 个完全指定名称属性的列表，其时间比我用秒表测量的时间要短！（远在一秒钟内）。

Answer 1

当同时在标签上使用不同的索引时，Cypher （尚未）选择它们以使查询更快，而是尝试提供使用它们的提示，请参阅 http://docs.neo4j.org/chunked/milestone/query-using.html#using-query-using-multiple-index-hints

PROFILE
MATCH (child:neoplasm), (parent:neoplasm)
WHERE child.conceptID = "448257000"   AND parent.conceptID="372095001"   
USING INDEX child:neoplasm(conceptID)
USING INDEX parent:neoplasm(conceptID)
CREATE child-[:ISA]->parent

这会改善事情吗？另外，请发布配置文件输出以获得更好的见解。

Answer 2

你说你正在使用自动索引。但是，查询将使用架构索引，而不是自动索引。根据属性自动索引节点，并且不绑定到标签。模式索引是 Neo4j 2.0 的一项全新功能。

因此，摆脱自动索引，并按照 Tatham 的建议，使用以下方法创建架构索引：

CREATE INDEX ON :neoplasm(conceptId)

即使使用架构索引，插入关系也会随着图形的增长而变慢，因为索引通常在 log（n） 级别扩展。但是，它应该比您观察到的时间快得多。

Answer 3

我似乎已经找到了答案。我重新启动了Neop4j数据库（Neop4j 2.0.0-M06），并得到了Neo4j将在几秒钟内准备就绪的通常消息。半个多小时后，状态变为绿色。在那段时间里，我正在监视这个过程，它似乎正在重建 lucene 索引。

此后，我尝试加载更多关系，现在它们以可接受的速度添加（每个关系~100毫秒）。

感谢您的评论