r-将两个值放在直方图中每个条形图的顶部

Question

我有以下数据，

SampleID Pos Dep Pvalues
sample_1 849 62 0.02755358
sample_1 859 63 0.07406833
sample_1 864 63 0.00351564
sample_1 883 60 0.02780868
sample_1 893 58 0.00451450
sample_1 895 58 0.03600795
样本_2 54 66 0.11864407
sample_2 55 67 0.01515152
样本_2 71 91 0.02712367
样品_2 78 97 0.00077325

我已经生成了一个p值的直方图，每个条形图的顶部都有频率值。下面是代码

pval_at_site<-read.table（"samples.pval"）
s<-hist（pval_at_site$Pvalues，xlab="pval"，cex=0.8）
text（s$mids，s$count，s$count，srt=90，pos=3，offset=1，cex=0.6）

现在，我想做的是，连同p值频率，在每个条形图的顶部添加样本数量。

例如，如果我在第一个区间中有1000个数据点，并且这些值来自20个唯一的样本，我希望我的图在第一个栏的顶部显示"1000,20"。

请告诉我该怎么做。希望我已经说清楚了。

谢谢。

Answer 1

您可以计算唯一值的数量，并在hist()计算之外生成文本标签。有更有效的方法可以实现这种拆分-应用-合并操作（查看dplyr和data.table），但下面的代码只需进行最小的更改即可实现：

data= "SampleID Pos Dep Pvalues
sample_1 849 62 0.02755358
sample_1 859 63 0.07406833
sample_1 864 63 0.00351564
sample_1 883 60 0.02780868
sample_1 893 58 0.00451450
sample_1 895 58 0.03600795
sample_2 54 66 0.11864407
sample_2 55 67 0.01515152
sample_2 71 91 0.02712367
sample_2 78 97 0.00077325"
pval_at_site <- read.table(text=data, header=TRUE)
s <- hist(pval_at_site$Pvalues, xlab="Pval",cex=0.8)
# get a vector of each bin
bins <- cut(pval_at_site$Pvalues, breaks=s$breaks)
# get sum of unique values by bin value based on hist() output
count.samples <- tapply(pval_at_site$SampleID, bins, function(x) length(unique(x)))
count.samples[is.na(count.samples)] <- 0  ## remove NAs from empty bins
# generate text labels by combining both values
tags <- paste(s$count, count.samples, sep=" - ")
text(s$mids,s$counts,tags,srt=90,pos = 3,offset=1,cex=0.6)