通过原子坐标计算原子之间的距离

Question

我从这个网站得到了下面的脚本。

use strict;
use warnings;
open(OUTPUT,">/home/guest/Desktop/test.txt") or die ("couldn't write the file");
my @line;
for (<>) {
    push @line, $_;               
    next if (@line)<2;
    print OUTPUT distance(@line), "n";
}
sub distance {
    my @a = split ' ',shift;   
    my @b = split ' ',;   
    my $x = ($a[6]-$b[6]);      
    my $y = ($a[7]-$b[7]);
    my $z = ($a[8]-$b[8]);
    my $dist = sprintf "%.1f",sqrt($x**2+$y**2+$z**2);   
   return "$a[1] to $b[1] |$a[11]-$b[11]| Distance-t$dist";
}

我正在使用这个脚本来识别原子之间的距离。我只能用一个原子来实现。

INPUT
HETATM    1  N   MSE A   1      16.272  16.789  53.256  1.00 31.95           N  
HETATM    2  CA  MSE A   1      15.408  15.939  52.384  1.00 30.64           C  
HETATM    3  C   MSE A   1      13.919  16.266  52.544  1.00 27.80           C  
HETATM    4  O   MSE A   1      13.393  16.321  53.659  1.00 26.16           O
OUTPUT
1 to 2 |N-C| Distance-  1.5
1 to 3 |N-C| Distance-  2.5
1 to 4 |N-O| Distance-  2.9

期望的输出

1 至 2 |N-C|距离 - 1.5
1 到 3 |N-C|距离 - 2.5
1 到 4 |N-O|距离 - 2.9
2 对 1 |N-C|距离 - 1.5
2 至 3 |N-C|距离 - 2.5
2 至 4 |N-O|距离 - 2.9
3 对 1 |N-C|距离 - 1.5
3 到 2 |N-C|距离 - 2.5
3 到 4 |N-O|距离 - 2.9
4 对 1 |N-C|距离 - 1.5
4 到 2 |N-C|距离 - 2.5
4 到 3 |N-O|距离 - 2.9

请帮帮我

Answer 1

行

my @b = split ' ',;

将$_变量拆分为数组@b，此时您想要的是@_数组的顶部。

看起来你还想要计算每对原子之间的距离，你需要一个双环才能实现。

如果你编写一个名为 distance 的子例程，那么最好它返回一个距离，而不是调用代码碰巧想要的任意字符串。

该程序似乎可以执行您想要的操作，并使用printf进行输出。

use strict;
use warnings;
open my $out, '>', '/home/guest/Desktop/test.txt' or die "Couldn't open output file: $!";
my @data = map [ split ], grep /S/, <>;
for my $i (0 .. $#data) {
  for my $j (0 .. $#data) {
    next if $i == $j;
    my @coords_i = @{$data[$i]}[6,7,8];
    my @coords_j = @{$data[$j]}[6,7,8];
    printf $out "%s to %s |%s-%s| Distance-%.3fn",
        $data[$i][1], $data[$j][1],
        $data[$i][11], $data[$j][11],
        distance(@coords_i, @coords_j);
  }
}
sub distance {
  my ($aa, $bb) = @_;
  my ($x, $y, $z) = map { $aa->[$_] - $bb->[$_] } 0 .. $#$aa;
  return sqrt($x * $x + $y * $y + $z * $z);
}

输出

1 to 2 |N-C| Distance-1.493
1 to 3 |N-C| Distance-2.513
1 to 4 |N-O| Distance-2.944
2 to 1 |C-N| Distance-1.493
2 to 3 |C-C| Distance-1.533
2 to 4 |C-O| Distance-2.415
3 to 1 |C-N| Distance-2.513
3 to 2 |C-C| Distance-1.533
3 to 4 |C-O| Distance-1.234
4 to 1 |O-N| Distance-2.944
4 to 2 |O-C| Distance-2.415
4 to 3 |O-C| Distance-1.234

Answer 2

文件中有 4 行，因此您的循环将有 4 次迭代（并且会跳过第一次，因为列表的大小仍然是 1）。

如果要匹配每个 2 个元素，则需要一个嵌套循环，该循环将在给定n行输入的情况下运行n^2迭代。只需将您的主循环切换到此

for (<>) {
    push @line, $_;               
}
for $a (@line) {
    for $b (@line) {
          next if ($a eq $b);
          print OUTPUT distance(@line), "n"; 
    }
}