如何在谷歌云上使用picard扩展坞将fastq转换为uBAM

Question

我一直在尝试将谷歌云上的fastq文件转换为uBAM文件，但到目前为止还没有成功。这是我使用的代码：

dsub 
--project projectID 
--zones "us-central1-*" 
--logging gs://bucket/logging 
--image broadinstitute/picard 
--command 'java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam FASTQ=gs://bucket/S_1.fq FASTQ2=gs://bucket/S_2.fq OUTPUT=gs://bucket/S_fastqtosam.bam READ_GROUP_NAME=Cancers SAMPLE_NAME=TS LIBRARY_NAME=Solexa-272222 PLATFORM_UNIT=CL100056 PLATFORM=illumina SEQUENCING_CENTER=BI RUN_DATE=2017-08-20T00:00:00-0400'
--wait

我可以看到图像已被拉出并成功运行，但随后我收到错误消息，说命令不正确，请检查 Picard命令行 -h

有没有人有使用谷歌云将fastq转换为uBAM的经验？请帮忙。非常感谢。 谢谢。

Answer 1

broadinstitute/picarddocker 镜像已经运行 java 作为其入口点(有关更多详细信息，请参阅 [1](。您需要更改命令以删除java -Xmx8G -jar picard.jar。

我也不确定将云存储路径直接传递给 picard 是否有效，并且在运行 dsub 时您可能需要指定其他参数(--input和--output(。有关更多详细信息，请参阅 https://github.com/DataBiosphere/dsub/blob/master/docs/input_output.md。

[1] 入口点被定义为"/usr/picard/docker_helper.sh"，即直接运行Java的文件。每个 docker 映像都有自己的入口点，因此确保对每个 docker 映像使用正确的命令非常重要。