r语言 - plot(x) 在发情 x 后不返回绘图或任何输出或任何错误 <- hclust(y， "ave" )

Question

我正在尝试按照PDF中的说明构建一个共表达网络。第一步是构建树状图。这是代码。

指向LiverFemale3600.csv的链接位于压缩文件中。

# Load the WGCNA package
library(WGCNA);
options(stringsAsFactors = FALSE);
#Read in the female liver data set
femData = read.csv("LiverFemale3600.csv");
datExpr0 = as.data.frame(t(femData[, -c(1:8)]));
names(datExpr0) = femData$substanceBXH;
rownames(datExpr0) = names(femData)[-c(1:8)];

sampleTree = hclust(dist(datExpr0), method = "average");
par(cex = 0.6);
par(mar = c(0,4,2,0))
plot(sampleTree, main = "Sample clustering to detect outliers", sub="", xlab="", cex.lab = 1.5, cex.axis = 1.5, cex.main = 2)

在这里，plot(( 不会在 RStudio 中返回任何内容。打印窗口为空，但也不会返回任何错误。

当 show(sampleTree( 运行时，我得到了以下内容。

> show(sampleTree)
Call:
hclust(d = dist(datExpr0), method = "average")
Cluster method   : average 
Distance         : euclidean 
Number of objects: 135 

Answer 1

如果您希望绘图出现在 RStudio 的绘图帧中，只需运行plot行。否则，运行par线将打开一个单独的绘图窗口，并且图形将不会显示在 RStudio 中的正常绘图框中。