Python包含shell路径文件名

Question

这是我在shell中的代码，我包括python命令：

for file in `ls $FOLDER`
do
echo "$file"
var=`python -c "from Bio import SeqIO, SeqUtils; import os; rec = SeqIO.read("**$FOLDER/$file**", 'fasta'); SeqUtils.xGC_skew(rec.seq, 220000)" `
done

我不知道如何让python识别我的文件名

Answer 1

您需要转义python代码中的双引号：

for file in `ls $FOLDER`
do
echo "$file"
var=`python -c "from Bio import SeqIO, SeqUtils; import os; rec = SeqIO.read("$FOLDER/$file", 'fasta'); SeqUtils.xGC_skew(rec.seq, 220000)" `
done

Answer 2

我看到一些常见的shell错误：

• 不要解析ls。使用

  for file in "$FOLDER"/*; ...
  

• 使用$(...)而不是`...`——更容易阅读，更容易嵌套。参考
• 改掉使用ALLCAPS变量名的习惯，将它们保留在shell中。有一天，你会写PATH=something，然后想知道为什么你的脚本坏了