r-加速matlab文件导入

Question

我正在尝试用R.matlab包加载一个matlab文件。问题是它一直在无限期地加载（例如table <- readMat("~/desktop/hg18_with_miR_20080407.mat")。我有一个来自布罗德研究所的基因组文件（hg18_with_miR_20080407.mat）。

您可以在以下网址找到：

http://genepattern.broadinstitute.org/ftp/distribution/genepattern/dev_archive/GISTIC/broad.mit.edu:cancer.software.genepattern.module.analysis/00125/1.1/

我想知道：有没有人尝试过这个套餐，但遇到了类似的问题？

Answer 1

（希望有帮助，但不是真正的答案，尽管注释的格式太多）

我认为你可能需要找一个有matlab访问权限的朋友来将文件保存为更合理的格式，或者使用python进行数据处理。它对我来说也是"挂起"的（OS X 10.9，R 3.1.1）

import scipy.io
mat = scipy.io.loadmat("hg18_with_miR_20080407.mat")

（您可以看到并使用rg和cyto' crufty numpy arrays, but they can't be converted to JSON with json.dumps and even jsonpickle.encode coughs up a lung-full of errors (i.e. you won't be able to use rPython `来访问对象，这是我最初寻找的解决方法），因此也没有对文件进行序列化（而且，我不得不相信，处理得到的json会很难看）。

您的选择是：

• 请朋友转换（如前所述）
• 用python中的numpy数组生成CSV文件
• 使用matlab