我是Gromacs的新手(以及一般的蛋白质分析编码，但对基于python的代码有一些经验(。 我正在尝试将从 pyDock 收到的 .ene 文件转换为更具可读性的格式(它当前打开
例如，当我尝试使用 gromacs 指南所说的接受 .ene 文件(gmx eneconv 和 gmx dump(的不同命令时
gmx eneconv -f project.ene -o converted.edr
和
gmx dump -e project.ene -om read.mdp
我收到错误
File 'project.ene' cannot be used by GROMACS because it does not have a recognizable extension.
The following extensions are possible for this option:
.edr
我已经更新了我的操作系统并重新安装了 gromacs。 我的安装正在根据"入门"页面工作。
我也愿意接受其他程序打开和读取.ene文件类型的建议。
谢谢！
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ene"是"能量"的缩写，其中包含能量，温度，体积等的二进制数据，并且仅在旧版本的Gromacs中使用。在新版的Gromacs中，这被包含可移植二进制数据的"edr"文件所取代。请参阅"gmx dump -h"，您将找到以下行：
Options to specify output files:
-o [<.edr>] (fixed.edr)
Energy file
如果你坚持使用ene文件，你应该安装一个旧版本的Gromacs。