从 Java 运行返回"command not found"的 shell 脚本

Question

我使用NetBeans v.8.2创建了一个java GUI。对Java非常陌生。

GUI中的一个按钮使用从GUI中的其他按钮/文本字段收集的参数启动shell脚本(我知道这不是理想的Java实践，但它适合我的用例):

    ```
        private void RunMacActionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt) {                                       
            String command[] = {scriptDirStr + "/./Master_run.sh",
                                projDirStr+"/",
                                DestDirStr+"/",
                                ECnonNormStr,
                                ECnormStr,
                                ProjID.getText(),
                                scriptDirStr +"/"};
            System.out.print(Arrays.toString(command));
            ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(command);
            try {
                Process p = pb.start();
            } catch (IOException ex) {
                Logger.getLogger(NewJFrame.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
            }
        }                                      
    ```

所以，我们的想法是用一堆参数启动Master_run.sh。Master_run.sh运行其他R和python脚本，例如:

python2 $script_Path/array_data_extractor.py $spath >>$spath/masterOutput.txt 2>>$spath/masterErrors.txt

和

Rscript $script_Path/1_APS_generator_master.R $spath $dpath $APS_src_filename $project_ID $APS_norm_src_filename >>$spath/masterOutput.txt 2>>$spath/masterErrors.txt

并以

结尾

cat $spath/masterErrors.txt| mail -s $Project_title" done" [e-mail]

我知道脚本已经启动，因为我收到一封带有以下错误的电子邮件:

"……第14行:python2: command not found"

和

"……第16行:Rscript: command not found"

当我在终端中使用相同的参数运行Master_run.sh时，不会出现这样的错误。有人知道什么可能会出错和/或如何解决它吗?

重新表述这个问题，似乎我得到了不同的行为，从java中启动相同的命令与直接到命令行

Answer 1

您的shell环境与java环境明显不同。尝试指定python2和Rscript的完整路径。例如

/usr/local/bin/python2 $script_Path/array_data_extractor.py ...