R包kernlab中的gausspr函数挂在线性内核上

Question

我正在试验高斯过程模型，特别是kernlab R包中的实现。我发现模型在用线性内核切除时会挂起。分析显示它正忙于通过运算符"%*%"进行矩阵乘法运算。下面给出了一个可重复的例子：

data(iris)
#this doesn't hang
test <- kernlab::gausspr(Species~.,data=iris,type="classification",kernel="rbfdot")
#this hangs with message "Setting default kernel parameters"
test <- kernlab::gausspr(Species~.,data=iris,type="classification",kernel="vanilladot")
#this also hangs
test <- kernlab::gausspr(Species~.,data=iris,type="classification",kernel="polydot", kpar=list(degree=1))
#this doesn't hang
test <- kernlab::gausspr(Species~.,data=iris,type="classification",kernel="polydot", kpar=list(degree=2))

知道这里发生了什么吗？非常感谢！

Answer 1

您需要为每个内核类型指定不同的调优超参数kpar。默认选项为kpar=list(sigma=0.1)，仅适用于Gaussian内核。

每个内核kpar的超参数列表如下：

径向基核函数">rbfdot"和拉普拉斯核">拉普拉斯函数的sigma逆核宽度。

多项式核">polydot"的degree, scale, offset。

双曲正切核函数">tanhdot"的scale, offset。

贝塞尔核">besseldot"的sigma, order, degree。

方差分析核">anovadot"的sigma, degree。

如果您想更好地理解原因，请查看此pdf中的内核函数，见第9页。

然而，对于简单的LINERAL内核来说，情况有点棘手，即kernel=vanilladot。没有要指定的超参数。我试过kpar=NA，但没有用。我找到了一种方法来获得线性内核的结果，使用具有特殊调整的多项式：

test <- kernlab::gausspr(Species~.,data=iris,type="classification",
kernel="polydot", kpar=list(degree =1, scale =1, offset =0))