对于当前的项目，我需要分析一个>300mb .csv文件中给我的大型蛋白质-蛋白质相互作用网络。这个图将有超过500万条边和数万个节点。
我已经尝试使用Cytoscape和Gephi来加载和分析我的数据，但两者似乎都无法处理这种大小的网络。当Cytoscape在尝试加载文件几秒钟后崩溃时，Gephi设法加载50%，直到内存耗尽。(是的，我将-Xmx设置为max)
注意，我的电脑有8GB的内存。
在这一点上，我开始质疑自己:是否有可能用普通的网络分析软件来分析这种规模的网络，或者我是否被迫编写和调整自己的算法?或者有你们知道的可用软件吗?现在，我不一定需要图形可视化，只是简单的中心性测量等。
我真的希望我的问题不是太不具体。提前感谢!
Cytoscape.js和Cytoscape desktop (Java)都支持无头模式。
你可以直接在Node.js中使用Cytoscape.js，并直接访问它的API。只要require('cytoscape')，就可以了。与可视化相比，在Node.js中直接使用Cytoscape.js在CPU使用和RAM方面的成本要低得多。js支持多种类型的中心性计算。它只是一个API调用来计算值，所以即使只是在Node.js REPL中也很容易尝试(您可以编写一个JSON文件)。
您可以通过CyRest(即HTTP/REST请求)与Cytoscape桌面进行无头通信。这意味着你可以用任何语言进行分析，但你所做的一切都将是异步的，并且需要不断的序列化和反序列化。我认为你也可以为Cytoscape桌面编写一个应用程序，只要它是无头的。