如何在 unix 中设置 "module" 命令以将软件包添加到$PATH？

Question

我使用大量计算群集，并且这些群集通常使用模块系统来制作可用的软件包。基本上，您使用模块命令（例如module load sample_software），将sample_software路径添加到$PATH中。在群集上，可以在交互式使用和提交提交用法中调用此命令。

我安装了一个带有PBS/Torque排队系统的Linux盒，以便我可以沙盒软件以供以后在簇上使用。我需要一个非常相似的模块系统。我首先在我的`/etc/profile.d/目录中制作一个名为 modules.sh的文件，该文件看起来像这样：

module()
{
if [ $2 == "softwareX" ]; then
    PATH=$PATH:/home/me/dir/softwareX
    export PATH
fi
}

然后，我将以下行放在我的.bash_profile脚本中：

source /etc/profile.d/modules.sh

现在，这非常适合以下用法：1）如果我提交作业并且我的作业脚本使用module load softwareX，那么没问题，该作业运行得很好。2）如果我在命令行上进行互动工作，并且我键入module load softwareX，则将软件的路径加载到我的$PATH中，一切都很好。

但是，这对以下情况不起作用：如果我制作一个简单的bash脚本，该脚本包含行module load softwareX，当bash脚本执行时，我会遇到错误。例如，这是我的bash脚本：

#!/usr/bin/env bash
echo $PATH
module load softwareX
echo $PATH

当我执行此操作时，我会收到错误 script.sh: line 3L module: command not found

...和$PATH永远不会改变。有人知道我如何解决这个问题在这三种情况下工作吗？感谢您的帮助！

Answer 1

bash脚本不会调用您的启动文件。您必须明确地做。

请参阅http://www.gnu.org/software/bash/manual/bashref.html#bash-startup-files

调用非交互性

当bash非交互启动时，运行一个shell脚本，例如，它在环境中寻找变量bash_env，如果它出现在那里，则将其值扩展，并使用扩展的值作为文件的名称到阅读并执行。bash的行为好像执行以下命令：

   if [ -n "$BASH_ENV" ]; then . "$BASH_ENV"; fi

但是路径变量的值不用于搜索文件名。

如上所述，如果使用 - login选项调用非相互作用的外壳，则Bash尝试从登录Shell启动文件读取和执行命令。

Answer 2

创建子壳时，您会创建一个新的环境。当您退回现有外壳时，您将失去该环境。

我怀疑这是您的模块函数调用的情况。如果将echo $PATH添加到模块函数的底部，您是否会在功能中看到路径会更改，但是在离开功能时会再次更改？如果是这样，问题是一个子壳问题：

您应该做的是让模块功能打印出新路径，然后执行此操作：

PATH=$(module load softwareX)