如何使R-Console的命令，结果和警告/消息/错误组合R-Session的对数文件

Question

我想产生一个记录文件，以跟踪所有命令（ stdin ），结果（ stdout ）和错误/警告/消息（ stderr ）。

我知道有很多记录包装，我尝试了几种像 TeachingDemos（似乎完全忽略了stderr）或 R2HTML（似乎忽略了消息），但是，它们似乎都不包含中的所有内容stderr 。

只有knitr和markdown似乎能够将所有内容都包含到一个文件中。但是使用此解决方法，我必须编写R-Scripts，并且无法在控制台中自由地编写命令。
此外，我不能将knitr或markdown命令包括在同一R-Script中（当然是一个次要的问题）。

这是一个示例：

library(TeachingDemos)
library(R2HTML)    
library(TraMineR)
logdir <- "mylog.dir"
txtStart(file=paste(logdir,"test.txt", sep=""), commands=TRUE, 
         results=TRUE, append=FALSE)
HTMLStart(outdir = logdir, file = "test", echo=TRUE, HTMLframe=FALSE)
## Messages, warnings and errors
message("Print this message.")
warning("Beware.")
"a" + 1
geterrmessage()
## Some example application with the TraMiner package 
## which uses messages frequently
data(mvad)
mvad.seq <- seqdef(mvad[, 17:86])
mvad.ham <- seqdist(mvad.seq, method="HAM")
txtStop()
HTMLStop()

Answer 1

如果您是从unix/linux/mac/等运行的R。终端，您可以做：

R | tee mydir/mylog.txt

在Windows上，您可以在

中运行脚本

R CMD BATCH yourscript.R

您的结果将出现在与yousercript.out.out

Answer 2

在Unices上，我经常使用以下代码习惯与bash：

Some Command 2>&1 | tee NameOfOutputFile.txt

" 2>＆amp; 1"说要将STDERR重定向到STDOUT，然后将其管道输送到" Tee"。我将尝试使用这种记录R会话的方式和其他方法。

另一个Unix Trick是"脚本"命令，该命令启动了一个子壳，其I/O（基本上您输入的所有内容并看到回报）都记录到指定的文件。然后退出外壳以结束脚本。同样，进行实验。由于"接收器"是r的本地，我将首先尝试。

顺便说一句，我使用Solaris拿起了这些技巧，但是它们与Windows上的Unix模拟器一起使用相同的运行Cygwin。很久以前，我发现我的Cygwin图像比Solaris的机构安装更加最新，因为管理员所承担的责任要多得多，而不仅仅是让Solaris保持最新状态。请注意，机构机器更强大，因此，即使Cygwin更加方便，我的个人机器根本就无法满足需求。

下午：

我从Shumway的时间序列分析的第99页及其应用R示例进行了示例代码。这是测试文件调色板的内容：

r
plot(gnp)
acf2(gnp, 50)
gnpgr = diff(log(gnp)) # growth rate
plot(gnpgr)
acf2(gnpgr, 24)
sarima(gnpgr, 1, 0, 0) # AR(1)
sarima(gnpgr, 0, 0, 2) # MA(2)
ARMAtoMA(ar=.35, ma=0, 10) # prints psi-weights
quit("no")
exit

我使用：

调用它

脚本＆lt;Palette.r

它从Palette.R和相应的输出中捕获命令。因此，似乎可用于批处理模式。对于交互式模式，我将使用我的原始计划并使用水槽。

Answer 3

我也有一个类似的问题，就我而言，我无法真正重定向 ast它取决于交互式模式的R运行。

具体来说，在我的日志文件中，我希望能够跟踪rjags::update()函数生成的进度条，但是，该函数需要交互式模式：

如果进度是"无"，则抑制了进度条。或null，如果更新小于100迭代，或者如果不运行互动。

因此，我需要欺骗r以思考它正在交互性运行，而实际上它是从bash脚本（下面的Interactive_r.sh）运行的 there document ：：

Interactive_r.sh

#!/bin/bash
R --interactive << EOT
# R code starts here
print(interactive())
quit("no")
# R code ends here
EOT

（旁注：确保避免使用R代码中的$字符，因为这将无法正确处理 - 例如，通过使用df[["X1"]]而不是df$X1从data.frame()中检索一列。）

） 。

然后，您可以使用下面的bash命令来运行此脚本并将其内容发送到日志文件中：

$ ./interactive_R.sh > outputFile.log 2>&1

您的日志文件将如下显示：

outputfile.log

R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
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'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>
> # R code starts here
> print(interactive())
[1] TRUE
> quit("no")