注释中心资源 |无法加载资源 |R 中的下载问题

Question

当我运行命令ah[[1]]时，我遇到了以下问题：

检索 1 个资源 错误：无法加载资源 常用中文名：AH5087 标题： 奥雷格安诺 原因：1 个资源下载失败 另外：警告消息： 1：下载失败 Web 资源路径："https://annotationhub.bioconductor.org/fetch/5087" 本地文件路径："/home/hafizahmad/.cache/AnnotationHub/bf61af04785_5087" 原因：错误：1408F10B：SSL 例程：SSL3_GET_RECORD：版本号错误 2：BFCadd(( 失败;已删除的资源 骑：BFC8 fpath："https://annotationhub.bioconductor.org/fetch/5087" 原因：下载失败 3：下载失败 中心路径："https://annotationhub.bioconductor.org/fetch/5087" 缓存资源："AH5087 ： 5087" 原因：BFCadd(( 失败;请参阅警告(( .

我描述的问题的解决方案在下面描述在回答中描述： 下载 1 资源

Answer 1

只写ah[[2，force=TRUE]]而不是ah[[2]]

Answer 2

在这里添加更多上下文，因为这对我有帮助。我尝试用AnnotationHub((加载Mus musculus数据库，并得到了类似的错误：

Error: failed to load resource
name: AH109367
title: Ensembl 108 EnsDb for Mus musculus
reason: database disk image is malformed

我在这里和这里发现了一些具有类似问题的其他链接，但这些解决方案都不适合我。

上面的答案解决了我的问题，我能够加载数据。

原始代码：

library(AnnotationHub); library(tidyverse)
# Connect to AnnotationHub
ah <- AnnotationHub()
# Access the Ensembl database for organism
ahDb <- query(ah, 
pattern = c("Mus musculus", "EnsDb"), 
ignore.case = TRUE)
# Acquire the latest annotation files
id <- ahDb %>%
mcols() %>%
rownames() %>%
tail(n = 1)
# Download the appropriate Ensembldb database
edb <- ah[[id]]

新代码：

# Connect to AnnotationHub
ah <- AnnotationHub()
# Access the Ensembl database for organism
ahDb <- query(ah, 
pattern = c("Mus musculus", "EnsDb"), 
ignore.case = TRUE)
# Acquire the latest annotation files
id <- ahDb %>%
mcols() %>%
rownames() %>%
tail(n = 1)
# Download the appropriate Ensembldb database
edb <- ah[[id, force=T]]